| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,302,027 | G→T | 67.7% | S86* (TCG→TAG) | nlpI ← | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,302,027 | 0 | G | T | 67.7% | 220.8 / 229.5 | 195 | S86* (TCG→TAG) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/29); new base T (84/48); total (118/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TTCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTC > CP009273/3301880‑3302176 | tCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaa > 1:3261359/1‑150 (MQ=255) tCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaa < 2:2044148/150‑1 (MQ=255) tCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaa < 1:626073/150‑1 (MQ=255) 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ttGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTaa < 1:4476224/150‑1 (MQ=255) tGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTaaa > 2:1467732/1‑150 (MQ=255) | TTCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAAAGTC > CP009273/3301880‑3302176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |