Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,347,778 | G→A | 62.6% | intergenic (‑369/‑306) | yhcC ← / → gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,347,778 | 0 | G | A | 62.6% | 191.9 / 251.0 | 211 | intergenic (‑369/‑306) | yhcC/gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/33); new base A (85/47); total (131/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGAGAT > CP009273/3347629‑3347927 | tCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAg < 2:4544913/150‑1 (MQ=255) ttACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCa < 2:3319119/150‑1 (MQ=255) tACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCAt < 2:1502416/150‑1 (MQ=255) aCCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCAtt > 1:4516725/1‑150 (MQ=255) ccAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCAttt > 2:1831433/1‑150 (MQ=255) ccAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCAttt < 2:597280/150‑1 (MQ=255) tAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaataa > 1:730984/1‑150 (MQ=255) tAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaataa > 1:731269/1‑150 (MQ=255) tAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTtaataa < 2:4396343/150‑1 (MQ=255) ggCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAgg < 2:2202703/150‑2 (MQ=255) cAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAt > 2:4688902/1‑150 (MQ=255) cAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAt > 2:4154107/1‑150 (MQ=255) gTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAttt < 2:4617919/150‑1 (MQ=255) gTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAttt > 1:137513/1‑150 (MQ=255) gTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAttt < 2:1345332/150‑1 (MQ=255) tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCGTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAAtttt > 2:4145145/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTa > 1:3627776/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTa > 1:3084090/1‑150 (MQ=255) 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cAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGGATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCtt < 1:4317036/150‑1 (MQ=255) aGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGGATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTg > 2:4236225/1‑150 (MQ=255) gggTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTg < 1:964043/150‑1 (MQ=255) ggTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGa > 2:3257567/1‑150 (MQ=255) gTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGGATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGAc > 1:2588007/1‑150 (MQ=255) 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ttttAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCa > 1:1850076/1‑150 (MQ=255) ttttAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCa < 2:1710747/150‑1 (MQ=255) ttAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGt < 1:4154107/150‑1 (MQ=255) tAATTTCAGTCATTTAATAAAGGATTTTGCGCTAAATCACAATTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCGGTATCAGCTTTCCCGAAAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCAGCTCATCATATTTATGCAGTa > 2:1794946/1‑150 (MQ=255) tAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTa < 2:432877/150‑1 (MQ=255) 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aGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTgaga > 2:1274391/1‑150 (MQ=255) gTCATTTAATAAAGGATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGAGAt < 1:2891362/150‑1 (MQ=255) | TCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGAGAT > CP009273/3347629‑3347927 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |