Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,376,534 | C→A | 19.3% | R326S (CGC→AGC) | degS → | serine endoprotease, periplasmic |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,376,534 | 0 | C | A | 19.3% | 920.8 / 169.0 | 326 | R326S (CGC→AGC) | degS | serine endoprotease, periplasmic |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (125/138); new base A (25/38); total (150/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
AGATCAACTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTA > CP009273/3376386‑3376683 | aTCAACTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGcc < 1:3838156/150‑1 (MQ=255) tCAACTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGccc > 1:1686975/1‑150 (MQ=255) cAACTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCt > 2:4536823/1‑150 (MQ=255) aaCTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTg < 2:1378412/150‑1 (MQ=255) aCTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTgg > 1:2183288/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTc < 2:116294/150‑1 (MQ=255) gCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTc < 1:4214270/150‑1 (MQ=255) gCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTc < 2:3298956/150‑1 (MQ=255) cAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCg > 2:1999887/1‑150 (MQ=255) cAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCg > 1:4109360/1‑150 (MQ=255) gggATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTg < 1:433939/150‑1 (MQ=255) ggATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGTCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGa < 1:4656298/150‑1 (MQ=255) cGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATccc < 1:1842060/150‑1 (MQ=255) cGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATccc < 1:2921127/150‑1 (MQ=255) gTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCt > 2:917923/1‑150 (MQ=255) gTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCt < 2:399639/150‑1 (MQ=255) tGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTg < 2:2945715/150‑1 (MQ=255) ttAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTgtag < 1:3409066/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCGGTGATCCCTgtagta > 2:2667419/1‑150 (MQ=255) aTGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGtagtag < 2:3054029/150‑1 (MQ=255) aTGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGtagtag < 2:625093/150‑1 (MQ=255) aTGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAAGGCGGGTATTCAGGTCAACGCTCTGAGTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGgaggag > 2:4809778/1‑150 (MQ=255) gAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAAGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTg > 2:3705739/1‑150 (MQ=255) aaGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGCTTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGa < 1:431106/150‑1 (MQ=255) aaGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGa < 1:2862835/150‑1 (MQ=255) aGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGAt > 2:2271683/1‑150 (MQ=255) aGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGAt < 1:249555/150‑1 (MQ=255) aGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTAGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGAt < 1:2910085/150‑1 (MQ=255) 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aaaTTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTGTATTATc > 1:2035365/1‑150 (MQ=255) aaTTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATcc < 2:2877132/150‑1 (MQ=255) | AGATCAACTGCAAGGGATCGTGGTTAATGAAGTGTCACCTGACGGCCCGGCGGCGAATGCGGGTATTCAGGTCAACGATCTGATTATTTCGGTGGATAACAAACCGGCCATCTCTGCTCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTA > CP009273/3376386‑3376683 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |