Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,385,571 | C→G | 8.5% | intergenic (‑184/+246) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,385,571 | 0 | C | G | 8.5% | 685.3 / 12.8 | 252 | intergenic (‑184/+246) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/62); new base G (4/19); total (169/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > CP009273/3385423‑3385719 | tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:4634585/150‑1 (MQ=255) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:3901452/150‑1 (MQ=255) ttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAGCAGGCAA‑CGCCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTGCCgggtg > 2:3930124/1‑146 (MQ=17) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGACGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCggatgt > 2:4051741/1‑145 (MQ=255) cGGCTGCCGGAGGCGGCGTGACCGCCCTAGCCCGCCCCCGGTTATGGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:4683087/150‑1 (MQ=14) cTGCCGGTGGCGGCGTTACCGCCCTATCCAGCCTCCTTTTATGTTCCGTTTTTTTGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGcc < 1:2355923/150‑1 (MQ=14) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCt < 2:4418880/150‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTGTGTAGGCCt > 1:1824161/1‑150 (MQ=255) cGGTTGGGGGGTGAACGCCCTACCCAGCCTATGGTTATGTTCGGGTTTTTAGGCCTTATAAGACGCCCCGCGAGGAATCAGCCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:131646/150‑1 (MQ=14) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt > 1:1147679/1‑150 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt > 1:4494796/1‑150 (MQ=255) cGGAGGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGGTATTGTACGGGTTTGTAGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:2974759/150‑1 (MQ=14) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCTTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAC‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTCGGCCTGAtt > 2:1670321/1‑149 (MQ=14) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATa > 1:3472946/1‑150 (MQ=255) gATGCGGCGTTACCGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTCCCGGTTTGTCGCCCTTATAAGCCGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATaa < 1:294163/150‑1 (MQ=14) gATGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAGGCAA‑CGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCTTAGCCGCCCTACGGTTATGTGCCGTTTGTAGGCCTGagac > 2:4586846/1‑147 (MQ=14) aTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAg > 1:4276732/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa > 2:3754956/1‑150 (MQ=255) 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cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACg > 1:3383572/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 1:1276571/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 2:4549629/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 1:2266404/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTCCGGGTGGAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 2:196677/1‑150 (MQ=14) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 1:4271597/1‑150 (MQ=255) cGCCCTACCCCGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTCGGCCTGAAAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:4769316/150‑1 (MQ=14) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAtcgtcg > 1:4002129/1‑150 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:1964301/1‑150 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:3126494/1‑150 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAC‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 2:1814378/1‑150 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTCAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCAGGTTGTAGGCCTGTTACGACCCACTGCGGCGCAt > 1:414512/1‑150 (MQ=14) aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 1:150245/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 1:1814781/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAATACGCACAGCGTCGCATCTGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:2100860/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 1:3859971/1‑150 (MQ=40) cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTATCTAGGCCAGATAAGAACCACAGCGACGCATCacga > 2:103398/1‑147 (MQ=14) cgCCTAGGTTTTTGTGCGGGTTTGTAGGCCTGATACGACGCACCGCGGCGCATCAGCCCA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:4681162/149‑1 (MQ=11) aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa > 1:4377984/1‑150 (MQ=38) cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 2:3685984/1‑150 (MQ=37) 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cGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGCTCTATGCCTGATa > 2:2588301/1‑150 (MQ=11) ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:2075049/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTAGGCCTGATaa > 2:4764716/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa > 2:160879/1‑150 (MQ=255) gcggggTACACGCTTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATATGACGCCCAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACg < 2:4562531/150‑1 (MQ=14) 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aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 1:4185446/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGt > 1:220955/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGt > 2:623268/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 2:2742080/1‑150 (MQ=255) ttATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 2:964574/1‑150 (MQ=255) tctCCGACCTACGGGTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 1:3019442/3‑150 (MQ=255) aTCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg > 2:4803546/1‑150 (MQ=40) tCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 2:2185150/1‑150 (MQ=40) tCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 2:3145638/1‑150 (MQ=255) tACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 2:538708/1‑150 (MQ=35) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:675270/1‑150 (MQ=35) tATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCgg > 1:3704568/1‑150 (MQ=35) | TTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > CP009273/3385423‑3385719 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |