Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,406,591 | C→T | 30.8% | T78T (ACG→ACA) | acrS ← | acrAB operon transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,406,591 | 0 | C | T | 30.8% | 304.7 / 185.3 | 201 | T78T (ACG→ACA) | acrS | acrAB operon transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/38); new base T (42/20); total (143/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CTCCCTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATAAGATTTTCAGCAACGCCTGCTGGCGGGGAATTTTGGCAATATATTGCAAGCCGACAATCAATTTTTCACGCAATTGTTGAAACGGGTCATGCTCTAATCCAGCCGTCAAGTGTTCCTGGATTAACTCCCGCAATGAAGGCTGTTGCAACCACATCTCATTAAACAGTTGAGTCTTGTTTTCGAAGTGCCAGTAGATAGCGCCACGCGTAACGTTAGCGGCGTCGGCAATGTCGTTGAGCGTCGTCTTGCTTA > CP009273/3406443‑3406739 | ccTCGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATAAGATTTTCAGCAACGCCTGCTGGCGGGGAATTTTGGCAATATATTGCAAGCCGACAATCAATTTTTCACGCAATTGTTGAAACGGGTCATGCTCTAATCCAGCCGTCa > 2:1583552/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATAAGATTTTCAGCAACGCCTGCTGGCGGGGAATTTTGGCAATATATTGCAAGCCGACAATCAATTTTTCACGCAATTGTTGAAACGGGTCATGCTCTAATCCAGCCGTCAAgt < 2:2168255/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCATCTCATCATTAAATTCACATTTGTGATATAAGATTTTCAGCAACGCCTGCTGGCGGGGAATTTTGGCAATATATTGCAAGCCGACAATCAATTTTTCACGCAATTGTTGAAACGGGTCATGCTCTAATCCAGCCGTCAAgtg > 2:102338/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |