| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,465,121 | C→A | 20.4% | D585Y (GAC→TAC) | fusA ← | protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,465,121 | 0 | C | A | 20.4% | 901.1 / 182.6 | 341 | D585Y (GAC→TAC) | fusA | protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/146); new base A (20/50); total (144/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
GTCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGA > CP009273/3464972‑3465267 | tCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCa < 2:452823/150‑1 (MQ=255) tCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCa > 2:424885/1‑150 (MQ=255) cACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGTAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAAt < 1:2202472/150‑1 (MQ=255) 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tCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACGGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTtg < 1:552172/150‑1 (MQ=255) cGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTtgatga < 1:2803982/150‑1 (MQ=255) | GTCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGA > CP009273/3464972‑3465267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |