Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,546,300 | G→T | 16.8% | intergenic (‑468/‑144) | malP ← / → malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,546,300 | 0 | G | T | 16.8% | 348.5 / 14.8 | 128 | intergenic (‑468/‑144) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/69); new base T (24/2); total (57/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTG > CP009273/3546152‑3546449 | aTAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTGTTAGGTGGGTTGTTAATAAAAAATTggta > 2:3442063/1‑148 (MQ=255) gATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAATATTTTGACTtg > 2:2997812/1‑150 (MQ=255) tattaAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTTGGTGGTTTTTTTATAAATattttgaattttgaa > 1:597328/1‑149 (MQ=255) atcatcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAGACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGTGGTGTTAATAAAGATTTGGAAGTTTGAAACAGTGc > 2:616568/1‑150 (MQ=255) catcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCaa > 1:1579062/1‑150 (MQ=255) tcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAAt < 1:1593232/150‑1 (MQ=255) tcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTGTAGGTGGGTTTTTTATAAAGATTTTGGAGTGTGTAACAGTGCAAAt > 1:1688894/1‑150 (MQ=255) tcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTGTTTGGTGTGTTGTTAATAAAGATTTTGAATTTTTACACAGAGCaaaa > 1:1688620/1‑149 (MQ=255) tcTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTGTTATGTGGGTTGTTGTTAAATATTTTGGATTTTGTAACAGTGCcaaa > 1:1689062/1‑149 (MQ=255) ttAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGa < 2:2790769/150‑1 (MQ=255) aGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGaca < 2:4523161/150‑1 (MQ=255) gATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTTGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGacac < 1:3134250/150‑1 (MQ=255) gATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGacac < 1:3134373/150‑1 (MQ=255) 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aagaaACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCAtt < 1:1590907/150‑1 (MQ=255) gaaACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAg < 2:1238392/150‑1 (MQ=255) gaaACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAg < 2:1237208/150‑1 (MQ=255) aaaCCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAATATTTTGTAATGTGTCACAGTGCAAAATAAGACACAAAAAAAAAACTCAACGCATTCCTTAGa > 1:4439713/1‑150 (MQ=255) aCCCTTGCTTAAATTAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGTATCAGCGTCGTTTTAGGTTAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGaaa < 1:1295868/150‑1 (MQ=255) aCCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGCGTTGTTAATAAATATTTTGAATTTTTAAACAGTTCAAAATCAGAAACAAAAAAAAAACTCATCCCTTGCATTATaaa > 1:1070579/1‑150 (MQ=255) aCCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAATATTTGGAATTGTGAAACACTGCAAATTAAGACACAAAAAAAAAAGTCAACGCTTGCCTTAGaaa > 1:1070581/1‑150 (MQ=255) cccTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTTGGTGTGTTGTTAATAAAGATTTTGAGTTGTGTCACAGTGCACATTCAGACACATAAAAAAAAGTCAAAGCTTGCAGTATAAAg > 2:2569841/1‑150 (MQ=255) cccTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTTGAATTGTGACACAGTGCAAATTAAGACACATAAAAAAACGTCAACGCTTGCATTAGAAAg > 2:2573664/1‑150 (MQ=255) cTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTTTGTGTGTTGTTTATAAAGATTTTGTATTGTGACACAGTGCAAAATAAGACACAAAAAAAAAAGTCATCGCTTGCATTATAAAAGt > 1:1741897/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |