| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,555,325 | 0 | T | C | 30.4% | 302.8 / 181.6 | 202 | intergenic (‑142/‑48) | glpE/glpD | thiosulfate:cyanide sulfurtransferase (rhodanese)/sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/60); new base C (41/20); total (122/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
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atGTTCGATAACGAACATTTATGAGCTTTAACGAAAGTGAATGAGGGCAGCATGGAAACCAAAGATCTGATTGTGATAGGGGGCGGCATCAATGGTGCTGGTATCGCGGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAg > 2:4113027/1‑150 (MQ=255) tGTTCGATAACGAACATTTATGAGCTTTAACGAAAGTGAATGAGGGCAGCATGGAAACCAAAGATCTGATTGTGATAGGGGGCGGCATCAATGGTGCTGGTATCGCGGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAgg > 1:865299/1‑150 (MQ=255) | TGATCCATGCGTCTCTCTTTCTTTACAAACAAGTGGGCAAATTTACCGCACAGTTTACGTCGAAGCGGCAGATAAACGCCATAATGTTATACATATCACTCTAAAATGTTTTTTCAATGTTACCTAAAGCGCGATTCTTTGCTAATATGTTCGATAACGAACATTTATGAGCTTTAACGAAAGTGAATGAGGGCAGCATGGAAACCAAAGATCTGATTGTGATAGGGGGCGGCATCAATGGTGCTGGTATCGCGGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGC > CP009273/3555176‑3555473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |