| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,609,368 | T→A | 27.7% | F256L (TTT→TTA) | nikB → | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,609,368 | 0 | T | A | 27.7% | 646.3 / inf | 351 | F256L (TTT→TTA) | nikB | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/139); new base A (51/46); total (166/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 | cacgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt < 1:3601998/150‑1 (MQ=255) acgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTg > 1:4238506/1‑150 (MQ=255) gtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGcc < 1:94605/150‑1 (MQ=255) tcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCt < 1:720556/150‑1 (MQ=255) cacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTg < 2:847143/150‑1 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTgg > 1:1644988/1‑150 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTgg > 1:2301252/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGc > 2:2114049/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGcc < 2:2625366/150‑1 (MQ=255) tGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCg > 2:466051/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCg > 2:4272674/1‑150 (MQ=255) gggCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCgg < 2:75304/150‑1 (MQ=255) gggCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCgg < 2:2846010/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGt < 1:1808407/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGt < 1:3577304/150‑1 (MQ=255) cgTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTc < 1:2219779/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg < 2:2949637/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCggg < 1:1885007/150‑1 (MQ=255) tGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGgc > 1:2007795/1‑150 (MQ=255) ggCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTAt < 2:3457245/150‑1 (MQ=255) gCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATg < 1:2367109/150‑1 (MQ=255) gCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATg > 2:1939918/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGc < 2:649436/150‑1 (MQ=255) 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aGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGAttt > 1:4054457/1‑150 (MQ=255) gACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGAtttt > 1:2840160/1‑150 (MQ=255) gAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAAc > 1:1062974/1‑150 (MQ=255) cGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGt < 2:1958481/150‑1 (MQ=255) cGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGt > 2:3070654/1‑150 (MQ=255) 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aTCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCcg > 2:939766/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAt > 2:3285609/1‑150 (MQ=255) | CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |