| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,679,324 | C→A | 72.3% | M1070I (ATG→ATT) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,679,324 | 0 | C | A | 72.3% | 511.4 / inf | 332 | M1070I (ATG→ATT) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/47); new base A (138/102); total (183/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCCGTGCGCTCCCGCCACATCACCGGTATGGCAAACGACAGGTATTCCTGCGGACTGTAGTAACCGCCCT > CP009273/3679175‑3679472 | ctgGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtaat < 2:252896/150‑1 (MQ=255) ctgGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtaat > 2:1744387/1‑150 (MQ=255) tgGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtcatc > 1:4387503/1‑150 (MQ=255) ggATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtaatca < 1:2656898/150‑1 (MQ=255) gATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAg > 2:3002352/1‑150 (MQ=255) tatCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCg < 1:1776346/150‑1 (MQ=255) tCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGa > 1:810614/1‑150 (MQ=255) tCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGa < 1:1051922/150‑1 (MQ=255) tCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGa > 1:3934875/1‑150 (MQ=255) cAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGAt > 2:2312950/1‑150 (MQ=255) aaTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATa < 1:3025320/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAAcg < 1:337783/150‑1 (MQ=255) cGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCgg > 1:32550/1‑150 (MQ=255) gCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCAt > 2:80683/1‑150 (MQ=255) ccAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATg < 2:388824/150‑1 (MQ=255) ccAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATg > 1:3128547/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGtttt < 2:1536222/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGtttt < 1:4537387/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGGTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGAGAACGCGGCAGGGtttt > 1:4169126/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTg < 2:864586/150‑1 (MQ=255) aaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTg < 1:2269855/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGt > 1:1338501/1‑150 (MQ=255) gTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCg < 2:293124/150‑1 (MQ=255) ttGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGt > 2:291388/1‑150 (MQ=255) gAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGaa < 1:1916546/150‑1 (MQ=255) gAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGac > 2:2298299/1‑149 (MQ=255) aaGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAAt > 2:3064169/1‑150 (MQ=255) aaGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAAt > 1:2618629/1‑150 (MQ=255) aaGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAAt < 1:3560558/150‑1 (MQ=255) aGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATg < 1:3474465/150‑1 (MQ=255) gTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGc < 2:4578385/150‑1 (MQ=255) gTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGc < 2:4340595/150‑1 (MQ=255) tAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCg > 2:3095263/1‑150 (MQ=255) 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gtTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGc > 1:2145689/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGAc > 2:693212/1‑150 (MQ=255) gTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACg > 2:1091067/1‑150 (MQ=255) gTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACg < 1:1477297/150‑1 (MQ=255) aTGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCAc > 1:4241996/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |