Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,785,915 | G→T | 72.1% | intergenic (‑4/+271) | kbl ← / ← yibB | glycine C‑acetyltransferase/YibB family protein, function unknown |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,785,915 | 0 | G | T | 72.1% | 352.8 / 218.8 | 226 | intergenic (‑4/+271) | kbl/yibB | glycine C‑acetyltransferase/YibB family protein, function unknown |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/33); new base T (54/109); total (84/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACTTCTGCAAAATTCAGGATAAATAACGTGTAACTTGATGTCTCTCAACACCTACAGATAGTAGAAAAACTGTAC > CP009273/3785766‑3786061 | gCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCg < 1:202546/150‑1 (MQ=255) acaAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTAt < 1:1314794/150‑1 (MQ=255) caAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTAtt < 2:3987063/150‑1 (MQ=255) caAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTAtt < 1:1402144/150‑1 (MQ=255) caAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGAtt < 2:1022631/150‑1 (MQ=255) caAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGAtt > 2:4531336/1‑150 (MQ=255) aaaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTTCGATtct > 1:4534544/1‑150 (MQ=255) aaaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATtct < 1:2651760/150‑1 (MQ=255) aaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATtctc < 1:2912625/150‑1 (MQ=255) aaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATtctc < 1:2587102/150‑1 (MQ=255) ttAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAg < 2:4871341/150‑1 (MQ=255) aaTGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGAc > 1:487055/1‑150 (MQ=255) aaTGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGAc > 2:4283331/1‑150 (MQ=255) 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taataaTGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATa > 1:3169808/1‑150 (MQ=255) taataaTGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATa > 2:1448212/1‑150 (MQ=255) taataaTGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATa < 2:1703945/150‑1 (MQ=255) aataatGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATaa < 1:354376/150‑1 (MQ=255) ataatGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAAc < 1:4306191/150‑1 (MQ=255) ataatGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAAc < 1:4306606/150‑1 (MQ=255) ataatGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAAc < 1:4261833/150‑1 (MQ=255) atGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAAcgcg > 1:1742072/1‑150 (MQ=255) tGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGt < 2:2384011/150‑1 (MQ=255) tGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGt < 2:1388798/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |