| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,830,197 | C→A | 72.0% | intergenic (+281/‑116) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 3,830,197 | 0 | C | A | 72.0% | 236.0 / 147.1 | 157 | intergenic (+281/‑116) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/16); new base A (66/47); total (94/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAA > CP009273/3830052‑3830342 | ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTa < 2:3700948/150‑1 (MQ=255) tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCAt < 2:36461/150‑1 (MQ=255) cATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAGTTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCAtt < 2:2247878/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |