| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,954,751 | G→T | 21.6% | V239L (GTG→TTG) | rep → | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,954,751 | 0 | G | T | 21.6% | 684.0 / 147.6 | 253 | V239L (GTG→TTG) | rep | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/98); new base T (25/30); total (125/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAC > CP009273/3954603‑3954900 | gCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCgt < 2:4814856/150‑1 (MQ=255) ccGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCttg > 1:4580500/1‑150 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:1177328/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:1815992/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:3704471/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGtggtgg < 1:982367/150‑1 (MQ=255) tgctgctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTggtgggtg < 1:1344776/150‑1 (MQ=255) tgctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACg < 1:3938726/150‑1 (MQ=255) ctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGAt > 2:2145867/1‑150 (MQ=255) tgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATg > 1:3494704/1‑150 (MQ=255) tgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATg > 1:146068/1‑150 (MQ=255) aCGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCa < 1:1832912/150‑1 (MQ=255) gCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGt > 1:4616052/1‑150 (MQ=255) cAATGAAGAAGGCCGCAAGCGCGGGCAGAACAAAATGCGCTAGCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGGATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTc < 2:1897728/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg < 2:4088602/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 2:1987072/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 1:28630/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 2:2045212/1‑150 (MQ=255) 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ggACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGgc > 1:4050301/1‑150 (MQ=255) gACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGgcg < 1:2582576/150‑1 (MQ=255) caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 2:1848970/1‑150 (MQ=255) caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 1:2412545/1‑150 (MQ=255) caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 1:4859941/1‑150 (MQ=255) 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aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc > 1:4509784/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc > 2:4021174/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc < 1:2727097/150‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGc > 2:1728/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGct < 2:4132507/150‑1 (MQ=255) 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aGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGt > 2:2159670/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTa > 1:417711/1‑150 (MQ=255) ccGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAt < 1:887213/150‑1 (MQ=255) cgcgcgcgCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAtt > 2:2413812/1‑150 (MQ=255) cgcgcgcgCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAtt < 2:3186141/150‑1 (MQ=255) 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cGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGaa < 1:2396/150‑1 (MQ=255) gtggtgGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAc < 2:3449947/150‑1 (MQ=255) | GCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAC > CP009273/3954603‑3954900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |