| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,063,530 | A→C | 31.5% | C78G (TGT→GGT) | yihR ← | mutarotase superfamily protein, YihR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,063,530 | 0 | A | C | 31.5% | 384.4 / inf | 311 | C78G (TGT→GGT) | yihR | mutarotase superfamily protein, YihR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (118/95); new base C (39/59); total (157/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ACTGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGAT > CP009273/4063381‑4063679 | aCTGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACa < 2:2887276/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAg > 1:1240423/1‑150 (MQ=255) tGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGc > 1:2793560/1‑150 (MQ=255) 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tCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCg > 2:2763066/1‑150 (MQ=255) tCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCg < 2:4636482/150‑1 (MQ=255) ccTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTca > 2:134213/1‑150 (MQ=255) aTAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAAt < 2:1288407/150‑1 (MQ=255) tAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATg > 1:2725739/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |