| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,148,403 | G→A | 27.2% | intergenic (‑81/‑15) | oxyS ← / → oxyR | sRNA antisense regulator activates genes that detoxify oxidative damage, Hfq‑dependent/oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,148,403 | 0 | G | A | 27.2% | 515.3 / 220.3 | 279 | intergenic (‑81/‑15) | oxyS/oxyR | sRNA antisense regulator activates genes that detoxify oxidative damage, Hfq‑dependent/oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/73); new base A (46/30); total (176/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTG > CP009273/4148255‑4148552 | aatCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCATTGTCTTCAAGGGTTAAAAGAGGGGCCGCTCCGTTTATGTTAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACTTATCGCCATGAACTATCGTGGCAAt < 1:4603298/148‑1 (MQ=255) aTTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACTTATCGCCATGAACTATCGTGGCAAt < 1:4808976/150‑1 (MQ=255) aTTAGAGTTGAGACACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGAt < 2:1150572/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |