Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,354,610 | A→T | 36.3% | W84R (TGG→AGG) | dsbD ← | fused thiol:disulfide interchange protein: activator of DsbC/conserved protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,354,610 | 0 | A | T | 36.3% | 338.9 / inf | 298 | W84R (TGG→AGG) | dsbD | fused thiol:disulfide interchange protein: activator of DsbC/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (98/92); new base T (48/60); total (146/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGA > CP009273/4354461‑4354758 | tGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGcc > 2:3116884/1‑150 (MQ=255) ggCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCt < 1:4061847/150‑1 (MQ=255) cGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTg < 1:3157375/150‑1 (MQ=255) cGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTg < 1:2784263/150‑1 (MQ=255) cGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTg < 1:2154398/150‑1 (MQ=255) ggATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc > 1:4631238/1‑150 (MQ=255) gATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCg < 1:935585/150‑1 (MQ=255) aCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAg > 1:960105/1‑150 (MQ=255) aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCAGCt > 1:539737/1‑150 (MQ=255) aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCt < 2:4830659/150‑1 (MQ=255) aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCGGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCt > 2:4324466/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCa > 1:3027787/1‑150 (MQ=255) cGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGt > 1:312506/1‑150 (MQ=255) 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tCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaaaa < 2:3692504/150‑1 (MQ=255) cATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAg < 2:1986851/150‑1 (MQ=255) cATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAg > 2:1062145/1‑150 (MQ=255) cATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAg > 1:1191744/1‑150 (MQ=255) aTCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGc > 2:2748759/1‑150 (MQ=255) 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cAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGa < 1:3519471/150‑1 (MQ=255) cAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGa < 1:3022819/150‑1 (MQ=255) | GGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGA > CP009273/4354461‑4354758 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |