| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,396,975 | G→T | 19.7% | D169Y (GAC→TAC) | rnr → | exoribonuclease R, RNase R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,396,975 | 0 | G | T | 19.7% | 780.8 / 144.5 | 277 | D169Y (GAC→TAC) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/99); new base T (26/29); total (149/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGGCGACAATATG > CP009273/4396826‑4397124 | ttCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTgacg > 1:250272/1‑150 (MQ=255) tCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTgacga > 1:3885484/1‑150 (MQ=255) cATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTgacgac > 1:1031402/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |