Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,520,215 | T→A | 33.2% | N46Y (AAC→TAC) | sgcB ← | putative enzyme IIB component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,520,215 | 0 | T | A | 33.2% | 397.8 / inf | 289 | N46Y (AAC→TAC) | sgcB | putative enzyme IIB component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/114); new base A (43/53); total (122/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCGGTACCGCATGCCACAAGGATCTTTTTCATAATGGATGTGCCTC > CP009273/4520066‑4520364 | ctcctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGtt > 2:2558926/1‑150 (MQ=255) tcctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTa < 2:68741/150‑1 (MQ=255) tcctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTa < 2:3991846/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |