| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,529,829 | T→C | 22.0% | intergenic (‑511/‑945) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,529,829 | 0 | T | C | 22.0% | 316.8 / 92.7 | 150 | intergenic (‑511/‑945) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/77); new base C (14/19); total (54/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTT > CP009273/4529682‑4529975 | tGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCtcttt > 2:3939487/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATAttttt > 1:4161172/1‑150 (MQ=255) gAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTCTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTc < 2:4490308/150‑1 (MQ=255) aGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTa < 2:4582506/150‑1 (MQ=255) gTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTaa > 2:1584699/1‑150 (MQ=255) ttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAg < 1:324324/150‑1 (MQ=255) aGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCAt < 1:1524355/150‑1 (MQ=255) aGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCAt > 2:3409791/1‑150 (MQ=255) aTTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCAtgt > 1:3067392/1‑150 (MQ=255) aTTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCAtgt > 1:1865504/1‑150 (MQ=255) aTTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCAtgt > 1:1865515/1‑150 (MQ=255) gCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGaa < 1:3660177/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGaa < 1:3659906/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGaa < 2:2187276/150‑1 (MQ=255) cGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAg > 1:1293099/1‑150 (MQ=255) cGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAg < 1:2699665/150‑1 (MQ=255) gagaTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGc > 2:2975023/1‑150 (MQ=255) agaTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGcc < 2:3580253/150‑1 (MQ=255) gaTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCa > 2:3473976/1‑150 (MQ=255) aTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAg < 1:3451640/150‑1 (MQ=255) gTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAaca < 1:4609740/150‑1 (MQ=255) ctcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACt < 1:2816100/150‑1 (MQ=255) ttGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCg < 2:3429288/150‑1 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCggt < 1:27197/150‑1 (MQ=255) aCTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCggtg > 2:483135/1‑150 (MQ=255) cTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATACGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGTAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTTCggtgg > 1:313567/1‑150 (MQ=255) aTCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTc > 1:3096950/1‑150 (MQ=255) aTCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTc > 1:1350387/1‑150 (MQ=255) cTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCtt < 1:1350698/150‑1 (MQ=255) cTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCtt < 1:4035276/150‑1 (MQ=255) gCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCaaaaa > 2:4671102/1‑150 (MQ=255) cACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAAc < 1:3686817/150‑1 (MQ=255) ttATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAg < 2:1638457/150‑1 (MQ=255) ttATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAg < 2:1293099/150‑1 (MQ=255) tataCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGa < 1:1553907/150‑1 (MQ=255) ataCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGAt > 2:4632049/1‑150 (MQ=255) taCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTCAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAACGATc > 2:3936580/1‑150 (MQ=255) taCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATc > 2:3937113/1‑150 (MQ=255) taCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATc > 1:1803627/1‑150 (MQ=255) taCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATc > 1:4328386/1‑150 (MQ=255) cTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTa < 2:1456389/150‑1 (MQ=255) cTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTa > 2:2173554/1‑150 (MQ=255) tGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAg < 1:3401943/150‑1 (MQ=255) tGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAg < 2:4397577/150‑1 (MQ=255) ttATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGtt < 2:2802171/150‑1 (MQ=255) ttATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTGGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGtt < 2:2656189/150‑1 (MQ=255) ataCCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTa < 2:887760/150‑1 (MQ=255) aaCCAGAACAAAAAACACGCAATCCAAACAACAAACCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTaa < 2:4600055/149‑1 (MQ=255) aTCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTAttt > 1:898449/1‑150 (MQ=255) aTCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTAttt < 2:3881915/150‑1 (MQ=255) aaaaaTCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGtt < 2:4728477/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTta < 1:2812426/150‑1 (MQ=255) tCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTtata < 2:4005381/150‑1 (MQ=255) aCGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTataaa > 1:4251477/1‑150 (MQ=255) cAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTataaataa < 2:41566/150‑1 (MQ=255) cAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTataaataa < 1:4756390/150‑1 (MQ=255) aaTCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAaataat < 2:1095447/150‑1 (MQ=255) tCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAAttt < 2:3112972/150‑1 (MQ=255) tCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAAttt < 2:3113486/150‑1 (MQ=255) tCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAAttt < 2:4713383/150‑1 (MQ=255) tCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAAttt > 1:4422079/1‑150 (MQ=255) ccATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATtta > 2:1630087/1‑150 (MQ=255) cATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATttat < 1:3653575/150‑1 (MQ=255) aTACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATttatt < 1:3769670/150‑1 (MQ=255) tACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATttatta < 1:2618879/150‑1 (MQ=255) tACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATttatta < 1:2111563/150‑1 (MQ=255) tACAACAAAACCAGATTTGCAATTAGTGTAACAAAATATGTCGATCTTTTTATTAGAGTAAGATGCCATGTTAAGCCATAAGAACACTTGCGGTTGTCTTCAAAAACTAAAGTTCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATttatta < 1:2416623/150‑1 (MQ=255) acaacaAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTaa > 2:226392/1‑150 (MQ=255) acaacaAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTaa > 2:2505744/1‑150 (MQ=255) aacaaAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAaga > 2:4194882/1‑150 (MQ=255) acaaAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAagag < 2:2885099/150‑1 (MQ=255) caaAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGt < 2:4594750/150‑1 (MQ=255) caaAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTCAGAGt > 2:4710000/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCt < 2:4539028/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCt < 1:641431/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCt < 1:483135/150‑1 (MQ=255) aCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTaa < 2:3406956/150‑1 (MQ=255) aCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTaa < 2:3596729/150‑1 (MQ=255) ccAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTaaa < 1:1635725/150‑1 (MQ=255) gCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTGAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGa < 1:2436088/150‑1 (MQ=255) aaTTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGc < 1:3939487/150‑1 (MQ=255) aTTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCt < 1:1584699/150‑1 (MQ=255) ttCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCtt < 1:4670047/150‑1 (MQ=255) cGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTg > 1:130472/1‑150 (MQ=255) tgtCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTCAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCa < 2:2910333/150‑1 (MQ=255) gtCACAAAATATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCaa > 2:3995619/1‑150 (MQ=255) caAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTa > 2:2076084/1‑150 (MQ=255) aaaaTATGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTaa > 1:2621842/1‑150 (MQ=255) aaaTATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAAc < 1:3499980/150‑1 (MQ=255) aaaTATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAAc < 1:3499997/150‑1 (MQ=255) aaTATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATATTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACt > 1:397326/1‑150 (MQ=255) atatGTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTc < 1:3792729/150‑1 (MQ=255) tatGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCa > 1:1981850/1‑150 (MQ=255) atGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAg < 1:1679040/150‑1 (MQ=255) atGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAg < 1:1679036/150‑1 (MQ=255) gTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTg < 2:4558752/150‑1 (MQ=255) gTCGATCTCTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTg > 2:2951112/1‑150 (MQ=255) gATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGc > 2:2096252/1‑150 (MQ=255) aTCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGcc < 2:1591520/150‑2 (MQ=255) tCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCtt < 1:3473976/150‑1 (MQ=255) | CTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTT > CP009273/4529682‑4529975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |