| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,626,111 | T→A | 20.7% | I96I (ATT→ATA) | creB → | response regulator in two‑component regulatory system with CreC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,626,111 | 0 | T | A | 20.7% | 847.5 / 221.6 | 346 | I96I (ATT→ATA) | creB | response regulator in two‑component regulatory system with CreC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (149/124); new base A (36/36); total (185/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
GTACCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGA > CP009273/4625962‑4626259 | tACCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCAGTACAGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTg > 1:42989/1‑150 (MQ=255) cccGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGt < 1:2753224/150‑1 (MQ=255) cccGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGt > 2:1637039/1‑150 (MQ=255) cGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGc < 2:2057413/150‑1 (MQ=255) gACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCt < 2:2799699/150‑1 (MQ=255) gACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCt < 2:2318611/150‑1 (MQ=255) cGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTga > 2:3269051/1‑150 (MQ=255) cGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTga < 1:4385310/150‑1 (MQ=255) cGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCTga < 2:489793/150‑1 (MQ=255) gTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTgac < 2:79223/150‑1 (MQ=255) gTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTgac > 1:798857/1‑150 (MQ=255) gTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTgac < 2:445578/150‑1 (MQ=255) tCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTCCTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTgacg < 2:178175/150‑1 (MQ=255) tCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCACCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCTgacg > 2:2115052/1‑150 (MQ=255) cATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTgacga > 1:1832704/1‑150 (MQ=255) tGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACt > 2:2674103/1‑150 (MQ=255) gATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTa < 1:1191119/150‑1 (MQ=255) aTTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTAc < 2:2609640/150‑1 (MQ=255) aTTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTAc < 2:802964/150‑1 (MQ=255) ctcGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTg > 2:2183188/1‑150 (MQ=255) tcGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTgg > 1:3124001/1‑150 (MQ=255) cGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGc > 2:1696905/1‑150 (MQ=255) cGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGc > 1:747260/1‑150 (MQ=255) aTGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCTGACGACTACGTGGCTa > 1:2639193/1‑150 (MQ=255) tGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTaa < 2:4553784/150‑1 (MQ=255) tGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCAGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCTGACGACTACGTGGCTaa < 2:1085024/150‑1 (MQ=255) tGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAAcc > 1:3143960/1‑150 (MQ=255) ggTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCCGACGACTACGTGGCTAAACCg < 2:610966/150‑1 (MQ=255) 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atatTACCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATAGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCAcccc > 1:4116650/1‑150 (MQ=255) tatTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCcg > 1:404484/1‑150 (MQ=255) atTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGACATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCcgc > 2:254617/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGaa > 2:3418496/1‑150 (MQ=255) gCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAg > 2:3774055/1‑150 (MQ=255) 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cTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTtgaattgaat < 1:1082643/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATtgaatgaa < 2:3124001/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCTGGAAATAGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATtgaatgaa > 2:3229863/1‑150 (MQ=255) ttGGGCTGGAAATAGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAAc > 2:2498468/1‑150 (MQ=255) tGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAAcc < 1:2985088/150‑1 (MQ=255) 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aaTTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCa < 2:2215563/150‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAg > 2:852523/1‑150 (MQ=255) | GTACCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGA > CP009273/4625962‑4626259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |