| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 37,692 | G→T | 9.6% | Q45K (CAG→AAG) | caiC ← | putative crotonobetaine/carnitine‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 37,692 | 0 | G | T | 9.6% | 761.0 / 13.1 | 241 | Q45K (CAG→AAG) | caiC | putative crotonobetaine/carnitine‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/89); new base T (2/33); total (119/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GGCGTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGATTTAACTCAAGATAACTATACCGGTTAACGACTCCGCCGCTGGATTCACAAATCAGCGCCGTTTTATGACCGTAAACGTCCGCAAGATCGTCCCACATTTGACGTAGATGTTGTCCGCCAATGATATCCATTGCACCTCTATCCA > CP009273/37543‑37838 | cgTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGAt < 2:4609495/150‑1 (MQ=255) cgTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGAt > 1:1818636/1‑150 (MQ=255) gTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGAtt < 1:1225233/150‑1 (MQ=255) ttAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGAttt > 1:911696/1‑150 (MQ=255) ttAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGAttt < 1:2228672/150‑1 (MQ=255) tAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGATTTa < 2:2186117/150‑1 (MQ=255) aaTCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGATTTaa < 2:1334532/150‑1 (MQ=255) aTCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAAGTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTTGCCGTGCGGTTAATCTCCTGATTTAAc < 2:4070000/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |