| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 382,882 | G→A | 19.2% | A152A (GCG→GCA) | tauC → | taurine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 382,882 | 0 | G | A | 19.2% | 650.8 / 139.7 | 266 | A152A (GCG→GCA) | tauC | taurine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/97); new base A (31/20); total (149/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TCGCGATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGAAAAGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGG > CP009273/382734‑383031 | tCGCGATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGa < 2:1825675/150‑1 (MQ=255)tCGCGATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGa < 2:4276900/150‑1 (MQ=255) cgATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCAAttt > 1:4056259/1‑150 (MQ=255) cgATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCAAttt > 2:2030599/1‑150 (MQ=255) gATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGAtttt > 2:1272387/1‑150 (MQ=255) aTGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGAttttt > 2:1996113/1‑150 (MQ=255) tGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTg < 1:2268028/150‑1 (MQ=255) tGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCAATTTTTg < 2:2135321/150‑1 (MQ=255) gggACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCAATTTTTGc < 1:4754599/150‑1 (MQ=255) aCTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCAcc < 2:134728/150‑1 (MQ=255) aCTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCAcc > 1:74973/1‑150 (MQ=255) aCTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCAcc > 2:1256288/1‑150 (MQ=255) tAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGt > 2:1633860/1‑150 (MQ=255) 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ggATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGt < 1:3053246/150‑1 (MQ=255) ggATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGt > 2:611603/1‑150 (MQ=255) gATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTg > 1:1167181/1‑150 (MQ=255) tCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGaa < 2:879298/150‑1 (MQ=255) ccGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGaaa > 2:3076376/1‑150 (MQ=255) 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aGCAATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGAAAAGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCAc > 2:1108515/1‑150 (MQ=255) gATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGAAAAGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCgg < 1:66765/150‑1 (MQ=255) | TCGCGATGGGACTTAGCCCTACGGTACGCGGCATTCTGGATCCGATAATCGAGCTTTATCGTCCGGTGCCGCCGCTGGCTTATTTGCCGCTGATGGTGATCTGGTTTGGTATTGGTGAAACCTCGAAGATCTTACTGATCTATTTAGCGATTTTTGCACCGGTGGCGATGTCGGCGCTGGCGGGGGTGAAAAGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGG > CP009273/382734‑383031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |