Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 1,919,925 | A→G | 9.5% | intergenic (‑4/‑324) | CJ019_01835 ← / → phnR | hypothetical protein/Putative transcriptional regulator of 2‑aminoethylphosphonate degradation operons |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 1,919,925 | 0 | A | G | 9.5% | 116.5 / 4.5 | 42 | intergenic (‑4/‑324) | CJ019_01835/phnR | hypothetical protein/Putative transcriptional regulator of 2‑aminoethylphosphonate degradation operons |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/17); new base G (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
TGTTGACAGTGCCTTCCTTGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAG > ACB122/1919798‑1920056 | tGTTGACAGTGCCTTCCTTGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCtt > 8:172430/1‑136 (MQ=255) aCAGTGCCTTCCTTGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTtgggt > 7:82736/1‑136 (MQ=255) ttccttGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCt > 1:29644/1‑136 (MQ=255) ccttGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACCACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGACATGATGAACTTTTTCATCGGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGcggtt > 2:57325/1‑132 (MQ=255) ccttGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATTAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGcgtgt > 2:188404/1‑132 (MQ=255) cggcgTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt < 2:29644/136‑1 (MQ=255) cggcgTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt < 7:163261/136‑1 (MQ=255) cggcgTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt < 7:179288/136‑1 (MQ=255) cggcgTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt < 7:172430/136‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTgg < 6:27160/134‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGGAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCg > 4:201511/1‑136 (MQ=255) cTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGGAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCg > 4:198250/1‑136 (MQ=255) ttGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCGTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGt > 1:101640/1‑136 (MQ=255) gAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGt < 6:43441/134‑1 (MQ=255) ggTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGc > 2:46217/1‑135 (MQ=255) ggTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCGTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCa > 2:183684/1‑136 (MQ=255) 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ggCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTATGGGTaa > 6:180507/1‑107 (MQ=255) tggtgCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt < 1:116118/91‑1 (MQ=255) tggtgCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCgtt > 2:116118/1‑91 (MQ=255) gtgCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCt < 1:46217/135‑1 (MQ=255) cgATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCaaa < 6:140949/136‑1 (MQ=255) cgATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAACaaa < 6:74323/136‑1 (MQ=255) gATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAAc > 8:144424/1‑136 (MQ=255) ggCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCtt > 4:11893/1‑136 (MQ=255) gCCGAGACAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTATCCTCCGCAGCTCCTTTGGGTGGGTGGCTTTGCGAGCGTGGTTCTGGGTAAAGCCTTTGCAAGCCTTTGAGTGGCACCTTTGGTCTAGGTGAGCTAACCtt < 8:115012/135‑1 (MQ=255) gCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTg < 3:11893/136‑1 (MQ=255) ccGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCtt > 6:83910/1‑134 (MQ=255) ccGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTAGGTCTAGGTCAGCAAACCtt > 7:183298/1‑134 (MQ=255) tGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAACCCTTGAGCCAAGGTAggac > 6:100931/1‑134 (MQ=255) tGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAgg > 6:97730/1‑134 (MQ=255) ccATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTg > 3:127650/1‑136 (MQ=255) aCTTTTTCATCCGGAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGt < 3:198250/136‑1 (MQ=255) aCTTTTTCATCCGGAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGt < 3:201511/136‑1 (MQ=255) tttttCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGttt > 8:64293/1‑136 (MQ=255) ttCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGa < 7:107765/135‑1 (MQ=255) tCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCCGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTag < 8:82736/136‑1 (MQ=255) | TGTTGACAGTGCCTTCCTTGCGGGCGGCGTCTTCCAGGGCCTTGAGGTCAGTGCTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAG > ACB122/1919798‑1920056 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |