| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 4,469,342 | C→T | 10.5% | A88A (GCG→GCA) | sasA_16 ← | Adaptive‑response sensory‑kinase SasA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 4,469,342 | 0 | C | T | 10.5% | 106.9 / 4.3 | 38 | A88A (GCG→GCA) | sasA_16 | Adaptive‑response sensory‑kinase SasA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/22); new base T (2/2); total (14/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
TATTGCCTCGTTGAAGCGGATCATGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCATATCAGCGGCAACGGTGCGCAG > ACB122/4469210‑4469473 | tATTGCCTCGTTGAAGCGGATCATGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGAGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGc > 8:46691/1‑135 (MQ=255) gCGGTTCATGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATg < 4:9571/136‑1 (MQ=255) gCGGATCATGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATg < 7:169645/136‑1 (MQ=255) tGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGt < 8:57146/136‑1 (MQ=255) aaCAGGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATGGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGGCTGAg < 8:36176/134‑1 (MQ=255) ctctGCGTCTCGGAGCGTCTCTTATGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTa < 4:149366/136‑1 (MQ=255) cGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATATAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCg < 5:103920/134‑1 (MQ=255) gTCTGGGTGCGTCTCTTTTGCCACCCTGAGCTATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTAAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCgctg < 6:116348/136‑1 (MQ=255) gTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCgctg < 6:94915/136‑1 (MQ=255) tctcGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCgctgc > 5:116348/1‑136 (MQ=255) ggAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACGCGAGCGCAGCGCGCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCAt < 7:14925/136‑1 (MQ=255) ctctTTTCCCAGCCAGCCCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAggg < 1:88112/136‑1 (MQ=255) ttttGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGTTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAggg < 1:37475/133‑1 (MQ=255) aaCACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGa > 2:84104/1‑135 (MQ=255) tCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGActgcg > 8:50182/1‑134 (MQ=255) ggcgcgcagcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAACGCCCGCTATCAAACGAGTCATGGCATGGGTCTGCGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGa < 2:160458/133‑1 (MQ=255) ccagcgcagcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGAACCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGa < 2:159486/134‑1 (MQ=255) agcgcagcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATg < 4:168783/136‑1 (MQ=255) agcgcagcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATg > 2:140685/1‑136 (MQ=255) agcgcagcgcTCGGTACGCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGGCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATg < 1:118397/136‑1 (MQ=255) agcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCTGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAg > 1:92018/1‑136 (MQ=255) agcgcTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCTGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAg > 1:94801/1‑136 (MQ=255) 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ggTACACACAGCCCAATTGAACCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTACTGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGa < 3:107490/134‑1 (MQ=255) agaCCACTTGATCCATCGAAACGCCCGCTATCAAAGGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCGTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCat < 4:137515/136‑1 (MQ=255) gaCCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCAAAGACTGCTGAGGCGGCTTCTGAGCAGTaaggat > 8:192769/1‑130 (MQ=255) cAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCatat > 4:570/1‑134 (MQ=255) aTTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGt > 6:171710/1‑124 (MQ=255) aTTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGt < 5:171710/124‑1 (MQ=255) aTTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCATATCAGc > 3:105695/1‑136 (MQ=255) gATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCATATCAGCgg > 8:181384/1‑135 (MQ=255) tCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCCGTCTTAGCAGTGCTCATATCAGCGGCAACGGt > 2:64982/1‑136 (MQ=255) aGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCATATCAGCGGCAACGGTGCGCAg < 3:78735/136‑1 (MQ=255) | TATTGCCTCGTTGAAGCGGATCATGTCCTGAACATGCTCTGCGTCTCGGAGCGTCTCTTTTGCCAGCCAGAGCGATAGAACACTCGAGCGCAGCGCTCGGTACTCAGAGACCAATTGATCCATCGAAAAGCCCGCTATCAAACGAGTAATGGCATGGGTCTGAGCCGCCGTATCGCTGCTCATTAGAGGGCCTCTGCCTTGCGCCTTCTCAGACTGCTGATGCGCAGTCTGAGCAGTACGCATATCAGCGGCAACGGTGCGCAG > ACB122/4469210‑4469473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |