| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,548,237 | C→A | 6.5% | Q266K (CAG→AAG) | mshA_5 → | D‑inositol‑3‑phosphate glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,548,237 | 0 | C | A | 6.5% | 190.2 / 3.2 | 62 | Q266K (CAG→AAG) | mshA_5 | D‑inositol‑3‑phosphate glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/33); new base A (2/2); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
TGTGTGTCGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTTCGCCGAGGGCTT > ACB122/3548115‑3548370 | tgtgtgtCGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCt < 2:111540/135‑1 (MQ=255)tgtgtgtCGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCt < 5:148762/135‑1 (MQ=255) gtCGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGCTCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGAtt < 5:920/135‑1 (MQ=255) cGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGc > 7:104191/1‑135 (MQ=255) gCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCg < 8:14457/135‑1 (MQ=255) gCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCg < 2:185102/135‑1 (MQ=255) gACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGc > 6:191679/1‑135 (MQ=255) gACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGc > 4:361721/1‑135 (MQ=255) tgCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGCCGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGCTTGCCCGGCACGGc > 7:342860/1‑135 (MQ=255) tgCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGc > 1:175533/1‑135 (MQ=255) tgCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGACTTCGAGCTTGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCTAGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGc > 4:223898/1‑135 (MQ=255) gAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTg < 3:218127/135‑1 (MQ=255) aaGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTgcagcag < 3:361745/135‑1 (MQ=255) aaGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGCGCTGGCGTGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCGTgcagcag < 3:127807/135‑1 (MQ=255) gCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCg < 1:163584/115‑1 (MQ=255) gCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCg > 2:163584/1‑115 (MQ=255) gCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAg > 8:14305/1‑135 (MQ=255) ccAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGt < 2:376637/135‑1 (MQ=255) gctgctGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCg < 1:16029/135‑1 (MQ=255) tgctgTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGGGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTa < 5:97053/135‑1 (MQ=255) gctgTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTa > 6:185304/1‑134 (MQ=255) gctgTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTAt > 6:343476/1‑135 (MQ=255) tgTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCa > 4:102287/1‑135 (MQ=255) ttGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 5:82723/135‑1 (MQ=255) ttGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct > 4:15918/1‑135 (MQ=255) ttGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct > 8:7641/1‑135 (MQ=255) ttGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 2:175533/135‑1 (MQ=255) tGCTGGACGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 1:286471/134‑1 (MQ=255) tGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 7:372170/134‑1 (MQ=255) tGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 1:92426/134‑1 (MQ=255) tGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCAct < 5:185304/134‑1 (MQ=255) gCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCCctgg > 1:326446/1‑135 (MQ=255) gCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCActgg > 1:19175/1‑135 (MQ=255) aaGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCActggctg < 5:17554/133‑1 (MQ=255) ggcgCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCa > 1:202441/1‑96 (MQ=255) ggcgCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCa < 2:202441/96‑1 (MQ=255) cTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGt < 4:221283/133‑1 (MQ=255) cTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGt < 1:333605/133‑1 (MQ=255) cTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGt < 2:19175/133‑1 (MQ=255) aGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAg > 3:27490/1‑134 (MQ=255) aGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAg > 7:219386/1‑134 (MQ=255) tCGATCGCCGTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGCTCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGCTCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGaa > 4:31132/1‑135 (MQ=255) gATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAAt > 6:293770/1‑135 (MQ=255) cGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCt < 7:69666/135‑1 (MQ=255) cGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCt < 3:361721/135‑1 (MQ=255) cTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTgcagc > 5:86519/1‑77 (MQ=255) cTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTgcagc < 6:86519/77‑1 (MQ=255) cTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGAAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGgc > 6:192016/1‑135 (MQ=255) cTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGAAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGgc > 6:186064/1‑135 (MQ=255) aGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGccc > 1:56839/1‑135 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTg < 7:14305/135‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGAAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTg < 5:186064/135‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGAAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTg < 5:192016/135‑1 (MQ=255) cTGGCGGGTGACGGTGAAATGCTCGAGCAGATCGATTCCTTGATTGCCCGGCACGGCTAGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGTCTGGATCAGCAGAGCGCAGGTACGCTAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCtc > 2:303223/1‑134 (MQ=255) cTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTg < 3:102287/135‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGACGGTGACATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTg < 5:173645/134‑1 (MQ=255) aCGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTgcagcag > 8:234967/1‑56 (MQ=255) aCGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTgcagcag < 7:234967/56‑1 (MQ=255) cGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTAACCAg < 3:300449/135‑1 (MQ=255) aaaTGCTCGATCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGATGGATCATCAGTGCTCAGGTACGAGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTTCg > 6:183968/1‑135 (MQ=255) gcgAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTTCGCCGAgg < 3:299905/135‑1 (MQ=255) gCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTTCGCCGAGGGCtt < 2:120353/135‑1 (MQ=255) | TGTGTGTCGGGCGACTGTGCGAACAGAAGGGCCAGCTGCTGTTGCTGGAAGCGGCGCGCTGTCTCGCTGCCCAGTCGATCGCCTTCGAGCTGGTGCTGGCGGGTGACGGTGAAATGCGCGAGCAGATCGAGGCCTTGATTGCCCGGCACGGCTTGCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTTCGCCGAGGGCTT > ACB122/3548115‑3548370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |