| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,957,251 | G→A | P133L (CCG→CTG) | dmlR_13 ← | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,957,251 | 0 | G | A | 98.5% | 231.0 / ‑4.7 | 66 | P133L (CCG→CTG) | dmlR_13 | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (30/35); total (30/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
ACCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAGG > ACB122/3957121‑3957381 | acCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCgg < 3:133145/137‑1 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 7:116413/1‑137 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 7:121182/1‑137 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCgg > 6:203645/1‑130 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCgg < 5:203645/130‑1 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTgcg > 8:330464/1‑137 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTgcg > 8:170987/1‑137 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTgcg > 6:320884/1‑137 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTgcg > 8:309357/1‑137 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTgcg > 5:6349/1‑137 (MQ=255) 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aGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCg > 8:232062/1‑106 (MQ=255) aGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCgg < 6:5458/137‑1 (MQ=255) gTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCAAGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCAGCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGc < 8:306361/137‑1 (MQ=255) gAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 7:93268/137‑1 (MQ=255) gAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 8:48137/137‑1 (MQ=255) gAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 1:239125/137‑1 (MQ=255) gAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 2:263522/137‑1 (MQ=255) gCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGc < 6:279101/137‑1 (MQ=255) aGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGccc > 4:147523/1‑137 (MQ=255) aCCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGc < 3:195594/137‑1 (MQ=255) cACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 6:186247/137‑1 (MQ=255) cACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 6:6349/137‑1 (MQ=255) cACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 1:57181/137‑1 (MQ=255) cACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 7:83681/137‑1 (MQ=255) aCGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCgg > 1:194441/1‑137 (MQ=255) aTCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTg < 8:193337/137‑1 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg > 6:135178/1‑40 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 5:135178/40‑1 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCaaa > 6:212324/1‑137 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCaaa > 5:71190/1‑137 (MQ=255) cGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 3:147523/137‑1 (MQ=255) cGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 5:80232/137‑1 (MQ=255) tCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAg > 1:102135/1‑137 (MQ=255) cATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGa > 1:87015/1‑137 (MQ=255) cccTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 8:116413/137‑1 (MQ=255) cccTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 8:121182/137‑1 (MQ=255) cccTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 8:307747/137‑1 (MQ=255) ccTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGcc < 4:280817/137‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTTTAGCCGGCCCCCACCGGCAACACCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGcccc > 6:6802/1‑135 (MQ=255) ttCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCcgc > 8:301782/1‑137 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGAt > 3:232250/1‑42 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGAt < 4:232250/42‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGTCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAgg > 8:170281/1‑137 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAgg > 7:200229/1‑137 (MQ=255) ccAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTc > 5:35335/1‑37 (MQ=255) ccAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTc < 6:35335/37‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 6:90594/129‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc > 5:90594/1‑129 (MQ=255) | ACCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAGG > ACB122/3957121‑3957381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |