| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | ACB122 | 4,963,095 | Δ12,336 bp | [CJ019_04659]–[flgE] | [CJ019_04659], fabH, CJ019_04661, CJ019_04662, CJ019_04663, flgI, flgH, flgG, flgF, CJ019_04668, [flgE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | ACB122 | 4963095 | 4975430 | 12336 | 37 [0] | [1] 38 | [CJ019_04659]–[flgE] | [CJ019_04659],fabH,CJ019_04661,CJ019_04662,CJ019_04663,flgI,flgH,flgG,flgF,CJ019_04668,[flgE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | ACB122 | = 4963094 | 0 (0.000) | 34 (0.780) | 25/232 | 0.5 | 98.6% | coding (1114/2064 nt) | CJ019_04659 | hypothetical protein |
| ? | ACB122 | 4975431 = | 1 (0.020) | coding (489/1323 nt) | flgE | Flagellar hook protein FlgE | |||||
AAGTTGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > ACB122/4962946‑4963094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcagccgagttcagGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGTTGGCACCCGAAGC > ACB122/4975431‑4975565 AAGTTGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGC < 5:136795/137‑1 TGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGCCCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCC > 4:110245/1‑137 TGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCC > 8:20006/1‑137 TGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCC > 1:287155/1‑137 TGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGG < 1:227328/137‑1 GCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCCAGTTCAGGT > 8:158612/1‑137 CCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTT < 8:212917/137‑1 CCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTT < 1:203522/137‑1 CCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTT < 5:270039/137‑1 CATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTG > 3:257595/1‑137 CATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCACTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTG > 1:187205/1‑137 AAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATG > 3:134693/1‑137 ACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTC > 5:192628/1‑137 CCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGG < 7:20006/137‑1 CCGGTAGGCTGAGGCGCGATGGCAACAGACCCTGCACTCCGACCCCGGCCAGACACCGCACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCCGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGGCGGCTTCGG < 6:172608/137‑1 CGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGC < 1:195087/137‑1 GGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGA > 7:84715/1‑137 GCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGAT < 6:192628/137‑1 CAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGC < 1:38570/137‑1 AGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGAT < 8:274765/137‑1 AGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGAT < 5:231128/137‑1 CCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCC < 8:222088/137‑1 CAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCT < 7:212769/137‑1 GCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGA < 1:220119/137‑1 CAAGGTACCCGCAGTACCACCTACTTCGAAGCCGGCAGCCGCGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCT < 1:84281/137‑1 AAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTT > 2:195228/1‑137 GCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGGCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTC < 3:22680/137‑1 GCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCATGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTC < 2:287155/137‑1 GCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTC < 1:30982/137‑1 CAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCG > 4:69103/1‑137 AGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCTAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGC < 7:166216/137‑1 AGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGC < 8:256155/137‑1 CACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACC < 6:166012/137‑1 CACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCCTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACC < 8:172261/137‑1 ACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTATCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCGGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATA > 7:162389/1‑137 TCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCGGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACC > 4:30108/1‑137 CCGGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAG > 1:142946/1‑137 GGCAGCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGT < 2:32246/137‑1 GCCGAGTTCAGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGTTGGC > 8:292414/1‑137 tGGTTGATCTTCTGGGTGATGTGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTTTCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGTTGGCACCCGAAGC < 1:58916/136‑1 AGGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGTTGGCACCCGAAGC < 7:41137/137‑1 AAGTTGAAGGTAGTGCCATTGATGTCGATCGAAGCAGCCGACGCCAGACCGGTAGTCTGAGGCGCGATGGCAACAGAACCTGCAGTCAGACCCAGGCCAGTCAAGGTACCCGCAGTACCACCTACGTCGAAGCCGGCAGCCGAGTTCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > ACB122/4962946‑4963094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcagccgagttcagGTTGATCTTCTCGGTGATGAGGCTGGTCGGCTTCGGCGTCAGGTTGGAAGTATCGATCTGCAGGTCAGTCAGGATGCCCTGGATGATCTTGCCGTCCTCGCCGACCGCATAACCCTGCAGGTTGGCACCCGAAGC > ACB122/4975431‑4975565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |