| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 6,002,324 | G→T | 6.6% | D395E (GAC→GAA) | CJ019_05620 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 6,002,324 | 0 | G | T | 6.6% | 178.4 / 3.6 | 61 | D395E (GAC→GAA) | CJ019_05620 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/32); new base T (2/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
AGCGCGTCCATGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAGGCCGCTCTGCTCG > ACB122/6002193‑6002459 | aGCGCGTCCATGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCCTCCCCACCGTGCGCGAGGATCAGGCGACGCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCt > 7:332468/1‑136 (MQ=255)aGCGCGTCCATGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCGCGGTCAGCGCGCACACACGCCAGCGCGCATCCCCCCCGTGCTCGAGGATCAGGCGCCGCACCGTGGCCAGTAgctgggtgggc > 1:103729/1‑132 (MQ=255) cATGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTTGCTGTCCTGGAATTg < 6:152287/135‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGCACTCAAGCCAGCGGGCCTCCCCACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACACACCCTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAACTgt > 2:378653/1‑133 (MQ=255) cgcACAACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAAc > 1:6679/1‑133 (MQ=255) atCGTTGCGTCGAATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCTAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCTAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGACTTGGCGAAAACTCAGGTTGAcc < 4:291682/135‑1 (MQ=255) cGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTAGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGCCTCAACGAGGCCAGTAGCTGGCAGTCCAGGAATTGGCGAAAACTCACGTTGACCGc > 4:117582/1‑136 (MQ=255) ttGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGAGAAAACTAAGGTTGACCGcc < 5:36586/135‑1 (MQ=255) ggcgCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCAtgtg < 3:29015/136‑1 (MQ=255) gcgcATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCAtgtg < 1:72815/135‑1 (MQ=255) gcgcAGCACCGCCGTCTCGGGCAGCGCGAACTCAAGCCCGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGTATCCGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCAtgtg < 2:377384/135‑1 (MQ=255) cgTCTCGGTCAGCTCGATCTCAAGCCAGCGGGCATCCCCACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACACAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGGCCTGGAATTGGCGAAAACTCACGTTGACCGCCATGTGCAACGGtggcag > 2:162243/1‑130 (MQ=255) gTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAgg < 6:198417/135‑1 (MQ=255) tctcGGTCAGATCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGcc < 8:222475/136‑1 (MQ=255) ctcGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGcc < 1:323873/135‑1 (MQ=255) ctcGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGcc < 2:6679/135‑1 (MQ=255) ggTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCcgc < 4:95363/134‑1 (MQ=255) gTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCcgc < 2:319779/133‑1 (MQ=255) tCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTc < 3:165289/136‑1 (MQ=255) tCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTc < 8:9026/136‑1 (MQ=255) gCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGc < 5:171992/135‑1 (MQ=255) tCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGcac > 8:161352/1‑135 (MQ=255) gAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACaa > 1:706/1‑135 (MQ=255) gAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTCGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAAt > 4:81298/1‑136 (MQ=255) cAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCAtgtg > 4:358818/1‑98 (MQ=255) cAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCAtgtg < 3:358818/98‑1 (MQ=255) aGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTc < 4:193961/136‑1 (MQ=255) aGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTc < 8:383684/136‑1 (MQ=255) gCGGTCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTc < 1:46922/135‑1 (MQ=255) gCGGGCATCCACACCGTGCTCGTGGATGAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTc < 1:164818/135‑1 (MQ=255) gCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTc < 2:42792/135‑1 (MQ=255) gCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTc > 6:82626/1‑100 (MQ=255) gCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTc < 5:82626/100‑1 (MQ=255) gCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCCCAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGaac > 8:166593/1‑134 (MQ=255) gCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGaa > 5:10804/1‑134 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGAcc > 2:97384/1‑69 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGAcc < 1:97384/69‑1 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaata > 2:181451/1‑135 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaata > 5:237297/1‑135 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaata > 5:331994/1‑135 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAAAGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataa > 7:13259/1‑136 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAAATGGCTAAAACTCATGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCCCGGGAaataa > 8:81203/1‑136 (MQ=255) tCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGAAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGAAACGGATCCAGGCAGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGTCACGTGAattaa > 4:31359/1‑136 (MQ=255) gAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTTTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGc > 2:350390/1‑105 (MQ=255) gAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTTTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGc > 2:345113/1‑105 (MQ=255) gAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTTTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGc < 1:350390/105‑1 (MQ=255) gAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTTTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGc < 1:345113/105‑1 (MQ=255) gAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacc < 7:41865/136‑1 (MQ=255) agtaTCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacc < 6:20738/132‑1 (MQ=255) aTCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaatacccca > 1:325334/1‑134 (MQ=255) cAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacccaata > 1:200618/1‑135 (MQ=255) ggCGACTCAACGTTGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacccaataac < 1:181451/135‑1 (MQ=255) ggCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacccaataac < 8:100089/135‑1 (MQ=255) ggCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAaataacccaataac > 7:100089/1‑135 (MQ=255) gACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCAAGGGAAAtaacccaataacccaa < 4:114743/136‑1 (MQ=255) gCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATc < 8:55112/135‑1 (MQ=255) aGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAgg < 5:333191/135‑1 (MQ=255) gTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAgg < 7:264278/134‑1 (MQ=255) gTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAgg > 8:264278/1‑134 (MQ=255) tAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGcc > 2:390702/1‑43 (MQ=255) tAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGcc < 1:390702/43‑1 (MQ=255) tAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAGGcc > 1:137526/1‑135 (MQ=255) gctggctgTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCcgc > 3:310218/1‑63 (MQ=255) gctggctgTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCcgc < 4:310218/63‑1 (MQ=255) gTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAGGCCGCTCTGCTCg > 4:269107/1‑136 (MQ=255) | AGCGCGTCCATGGTCTGGCGCACCACCTCGTTGCGGCGCATCACCGCCGTCTCGGTCAGCTCGAACTCAAGCCAGCGGGCATCCACACCGTGCTCGAGGATCAGGCGACTCAACGTGGCCAGTAGCTGGCTGTCCTGGAATTGGCGAAAACTCAGGTTGACCGCCATGTGCAACGGTTCCAGGCCGCGCTCGCACAATGCCTGCATGTCACGCAGGGCACGGGAAATAACCCAATAACCCAAGGGCACGATCAGGCCGCTCTGCTCG > ACB122/6002193‑6002459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |