| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,436,622 | A→C | 45.4% | E775A (GAG→GCG) | CJ019_03261 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,436,622 | 0 | A | C | 45.4% | 5.0 / 2.8 | 25 | E775A (GAG→GCG) | CJ019_03261 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/7); new base C (7/4); total (14/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGC > ACB122/3436498‑3436748 | gcggcTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGGGGGAGGTTTGGGGGGGGGGTGGGGGAGCGGGGGTTGGGTGCCGACCCGGccgccg > 4:200400/1‑136 (MQ=255) ccGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGTGGCGGGGCAAGCGATGGTGTGGAGCCGCCCCCGCCGCCGCTCAagccgcgcc > 8:353646/1‑136 (MQ=255) aTCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGTGGGTGGGGGAGGGGGGGGGTGGGGGCGCGCCGGCCGCCCCTCAAGCCGCGCCGGTATCGccgccg > 5:111404/1‑135 (MQ=255) ggTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGGGGGGGGGCCAGCCTTGGGTTGGGGACGGGCCGGCCGCCGAGAAAGCCGCCCCGGAATCGCCCCCCGcc > 6:147248/1‑134 (MQ=255) tACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGGGGGGCCAGCGATGGGTTTGTGCCGCGCCGGCCGCCGGTCAAGCCGCGCCCGCATCGCCGCCGGCAcgg > 3:60983/1‑134 (MQ=255) ggCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGGTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGCGCCGGCCGACGCTCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTa > 2:77670/1‑135 (MQ=255) ggCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGTGGCTGGGGCAGCGATGGTTTGGTGGCGCGCCGGCCGCCGCTCAAGCCGCGCCGGAATCGCCGCCGGCCCTGGGTAAAGCGTTa > 1:237718/1‑135 (MQ=255) ggCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGTGGCGGGGCAAGCGATGGGTTGGGGACGAGCCGGCCGACGATCAACCCGCGCCGGAATCGCCGCCCGCACGGGGTAAAGCGGTa > 6:341608/1‑135 (MQ=255) ggCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTGTGGGGGGGGGGGGGGCGAGCGAGGGTTTGGTGGCGCGCCGGGCGGCGCGCCAGCCGAGCCGGGATCGCCCCCGGCACGGGGTTAAGCGTTAc > 3:50426/1‑136 (MQ=255) ggggggCGAGTCGTGTTGGGGGTGGGGGGGGCAGCGATGGTTTGGTGACGCGCCGGCCGCCGCACCACCCGCGCCGGCATCCGCGCCGGCCCCGGGGTAACCGTTACCCGGAACGGGGATGCCACCCAAAGAAGt > 6:236489/1‑135 (MQ=255) ggggCGAGTCGTGTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGAAGGTTTTGTGACGAGCCGGCCGCCGCTAAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACGTGGTTAAGCGTTAAGGGTAACGGTGATGCCCGCCAAGGAAGTc > 4:270104/1‑134 (MQ=255) cggggggCGGGGCAAGCGTGGGTGTGGGGCCGCGCCGCCCGACGAGAACGCCGAGCCGGATGCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGGTATGCCAGCCAAGGAAGGCGAGCCTGAGCCCGCCACg < 8:222601/135‑1 (MQ=255) cccccggCGGGGCACGCGCTGGTGGGGGGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACg < 3:270104/131‑1 (MQ=255) cccccggCGGGGCACGCGAGGGTGTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAAGCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACg < 7:75516/131‑1 (MQ=255) cggggCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGccgccg < 7:260267/61‑1 (MQ=255) cTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGccgccg > 8:260267/1‑63 (MQ=255) gCACGCGATGGGTGGGGGACGCGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGGCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCaa < 3:12973/136‑1 (MQ=255) cAAGCGATGGTTTGGTGACGCGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCaa < 1:296505/135‑1 (MQ=255) cAAGCGATGGTTTGGGGACGCGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCaa < 2:266230/135‑1 (MQ=255) cGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTg < 8:95166/136‑1 (MQ=255) gtgtGGTGACGAGCCGGCCGACTATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCTTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCg < 3:200400/133‑1 (MQ=255) ttgggggACGAGCCGGCCGACGATCACGCCGAGCCGGAAGCGCCGCCGGCACTGGGTAACGCGTTACGCGTAACGGGGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATc < 6:111404/127‑1 (MQ=255) ttGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCgg > 3:183067/1‑135 (MQ=255) ttGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCgg > 8:335857/1‑135 (MQ=255) ggggACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGc < 2:237718/131‑1 (MQ=255) | GCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCGCGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGGCACTGGGTAAAGCGTTACGCGTAACGGTGATGCCAGCCAAGGAAGTCGAGCCTGAGCCCGCCACGGCTCCGGTCAAGGCTGATCCGGC > ACB122/3436498‑3436748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |