| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 4,341,371 | G→C | 14.0% | D64E (GAC→GAG) | gtaB ← | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 4,341,371 | 0 | G | C | 14.0% | 165.6 / 14.9 | 62 | D64E (GAC→GAG) | gtaB | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/28); new base C (4/4); total (28/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGAGGCCCTTCATTTCGGTCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTGGGCATGGCTTTGG > ACB122/4341238‑4341504 | cGAGGCCCTTCATTTCGGTCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTc < 7:384009/136‑1 (MQ=255) cccTTCATTTCGGTCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCa < 4:195717/136‑1 (MQ=255) aTTTCGGTCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGgcgc > 4:254528/1‑136 (MQ=255) tCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGcc > 3:20964/1‑136 (MQ=255) cgggtgaACGAGAACTCGCTCTCTTTTAGAATACTACCAATACCCACCAGGTATTTTACGTTTTGGGTGCCATTGATCTGGTTTTCCCGCTCGTAGCTGATGGCGAAGTTGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCGGCGcc < 8:309117/133‑1 (MQ=255) gcgTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGcc > 6:388685/1‑135 (MQ=255) tgaACGATCACTGTTTGAGAAGACGACGATTACCTACCAGTTATTTTTCCTTGGCGGTGCCATTTATGTGGTTTTCAAGCTGGTAGCTGATGTCGAAGTGTTCTTCCAGGGCGGGCTTGCCGCGCCGGGTAACGa < 6:302343/134‑1 (MQ=255) gAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGgag < 6:298819/135‑1 (MQ=255) gCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGATGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTAGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGAt > 1:348429/1‑135 (MQ=255) gCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGACGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGAt > 5:304182/1‑129 (MQ=255) aCTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTAGTCTGAGCCATTGATCTGGTTTTCCAGATCGTATCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCGCGGTAACGATCGatatat > 2:110571/1‑133 (MQ=255) cTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCAGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCGTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCg > 8:173846/1‑136 (MQ=255) gAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGa > 4:36231/1‑136 (MQ=255) aGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTGTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGGCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAg < 5:152004/134‑1 (MQ=255) aGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGGCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCCGCTCGTAGCTGATGTCGAAGGGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAg < 5:196872/134‑1 (MQ=255) aGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGAccc > 1:378058/1‑135 (MQ=255) aGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCg > 8:276328/1‑136 (MQ=255) gacgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTACCGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCAt > 2:368553/1‑135 (MQ=255) gacgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCAt > 1:118427/1‑135 (MQ=255) gacgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATc > 3:217712/1‑136 (MQ=255) gacgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATc > 3:366609/1‑136 (MQ=255) cgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATc > 5:201214/1‑134 (MQ=255) cgaATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATc > 5:195141/1‑134 (MQ=255) ccGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGctt < 7:276328/136‑1 (MQ=255) ccGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGctt > 4:145719/1‑136 (MQ=255) cccccAGGTTTTTTTCGTTGGCGGTGCCGTTTATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCTAAGTGGTCTTCCCGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGctt < 5:265479/132‑1 (MQ=255) cGACCTGCTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGcttc < 7:289572/136‑1 (MQ=255) cGACCAGGTTTTTTTCCTTGTCGGGGCCCTTGATCTGTTTTGCCCGCTCGTAGCTGAGGTCGACGTGGTCTTCCAGGGCGCGCGTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGctt < 1:228277/135‑1 (MQ=255) cGACCAGGTATTTTTCCTTGGCGGGGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCGCGTAGCTGATGGCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGcttc < 7:377735/136‑1 (MQ=255) aCCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGcttctt < 8:36514/136‑1 (MQ=255) cAGGTTTTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTTATGTGTTTTTCCAGCAGGTCGCTGAGTTCTAATTGGGCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCa < 7:86037/136‑1 (MQ=255) cAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCttcttc > 7:289230/1‑135 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGgag > 5:102303/1‑102 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGgag < 6:102303/102‑1 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCaa > 7:247336/1‑136 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCa > 2:120791/1‑135 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCa > 2:34236/1‑135 (MQ=255) aGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCa > 6:393997/1‑135 (MQ=255) ggTATTTTTCGTTGTGGGTGCCCTTGATCTGGTTTTACAGATCGTAGCTGATGACGAAGTGGTCTTCCAGGGCTCGCTTGCCGGGCCCGGTAACGATGGAGATCTAGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCaa < 5:283295/135‑1 (MQ=255) ggTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATGTGGTTTTCCAGCTGGTAGGTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGGGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCaa < 6:108483/135‑1 (MQ=255) gTATTTTTACTTGTCGGTGCCTTTTATCTGGTTTTCCTTCTCTTAGCCTATGGCGATGGGAGCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCaa < 7:173846/134‑1 (MQ=255) ttttCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCa < 3:145719/135‑1 (MQ=255) tttCTTTGTGGGTGCCCTTCATCTGGTTTGCCCGCTCGTCGCTGTTGTCGAAGTGGGATTCCAGGGCGCGCTGGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCa < 2:163535/134‑1 (MQ=255) ccTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCcgcg > 5:159280/1‑76 (MQ=255) ccTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCcgcg < 6:159280/76‑1 (MQ=255) ccTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTg > 4:43136/1‑136 (MQ=255) ttGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGa < 3:119092/136‑1 (MQ=255) cGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAg > 3:125660/1‑136 (MQ=255) cccTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCt < 8:33888/136‑1 (MQ=255) gTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGaccac < 3:36231/135‑1 (MQ=255) ttttCCCGCTCGTAGCTGTGGCCTACGTGGTCTGCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGaccac < 1:309580/134‑1 (MQ=255) ttCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCgg > 4:166400/1‑135 (MQ=255) ttCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGATCAGCCCCGCATCAAATGCTTCTTCAACGCCATACTGCATCAGTGGCTTGTTGACCACCGgc > 3:347419/1‑136 (MQ=255) ccACCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGgca < 7:124401/135‑1 (MQ=255) cAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGgcag < 4:148227/135‑1 (MQ=255) gCTCGTAGCTGATGTCGACGTGGTCTT‑CAGGGCGCGCTGGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCAtt < 7:171787/136‑1 (MQ=255) cTCGTAGCTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCAtt < 4:125660/136‑1 (MQ=255) cTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTg < 2:118427/135‑1 (MQ=255) cTGATGTCGAAGTGCTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTg < 5:388685/135‑1 (MQ=255) tGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTgg < 1:34236/135‑1 (MQ=255) gctGTCGAAGGTGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAAGGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGTCAGCATTTCCTTggg < 5:118665/133‑1 (MQ=255) aTGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTggg < 8:247336/134‑1 (MQ=255) ggTCTTCCAGGGCGCGCTGGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTAGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTGGGCATGGCTTTgg < 6:309660/135‑1 (MQ=255) | CGAGGCCCTTCATTTCGGTCTGGCGCGTGTACGAGAACGAGCACTCGTTGAGCAGACGACGAATACCGACCAGGTATTTTTCCTTGTCGGTGCCCTTGATCTGGTTTTCCAGCTCGTAGCTGATGTCGAAGTGGTCTTCCAGGGCGCGCTTGCCGCGCCCGGTAACGATGGAGATCTCGTTCAGACCCGCATCCAATGCTTCTTCAACGCCATACTGGATCAGTGGCTTGTTGACCACCGGCAGCATTTCCTTGGGCATGGCTTTGG > ACB122/4341238‑4341504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |