| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,047,252 | T→G | 13.7% | S111R (AGC→CGC) | CJ019_02862 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,047,252 | 0 | T | G | 13.7% | 91.8 / 2.4 | 43 | S111R (AGC→CGC) | CJ019_02862 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/24); new base G (5/2); total (17/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTCGCGCGTTTTACCGCGTTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCGATAGACGTCGATCAGCACCGGCCGGGGCGT > ACB122/3047123‑3047378 | cTTTCGCGCGTTTTACCGCGTTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGGGTTTTGGAGGGTTCGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCGCAGtt > 3:77895/1‑135 (MQ=255)cTTTCGCGCGTTTTACCGCGTTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGGGTGTTTGAGGTTTAGGCCGAAGTAGTCCTGGCATGCCGGGCGCAggt > 2:208888/1‑133 (MQ=255) tttCGCGCGTTTTACCGCGTTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTtc < 3:35796/135‑1 (MQ=255) tttCGCGCGTTTTACCGCGGTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTtc < 3:34350/135‑1 (MQ=255) 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cAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCGCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGGTGCTATGCGGCTGGtc < 6:255236/135‑1 (MQ=255) tggtCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCAAGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATg < 6:133225/135‑1 (MQ=255) ggtCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGa < 1:107692/135‑1 (MQ=255) cccGGCCGTGGCTGTTTGGAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCGCAGTTCGCCGGCGCCGGGGTTTGCCCGCCACAGGCTGCCCGGGAGGTTGCTGTTCGGCTGGTCTTCTATGCAGCGCCCATg > 6:39798/1‑135 (MQ=255) gTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCAt < 7:230172/135‑1 (MQ=255) cAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCg > 2:74029/1‑132 (MQ=255) 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tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTg > 2:134638/1‑69 (MQ=255) tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTg < 1:134638/69‑1 (MQ=255) tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCGATAGACGTCGATCAGCACCGGCCGGGGCGt > 2:290006/1‑135 (MQ=255) tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCGATAGACGTCGATCAGCACCGGCCGGGGCGt > 2:137798/1‑135 (MQ=255) tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCGATAGACGTCGATCAGCACCGGCCGGGGCGt > 7:8423/1‑135 (MQ=255) tGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGACAAAGTCTGCCAGGGATGTTGCTATCCGGCTGGACTTCGATGAAGCGACCTTGCAGCAATTGACGGCGATAGACGTCCATCAGCACCGGCCGGGGCgg > 5:199614/1‑134 (MQ=255) | CTTTCGCGCGTTTTACCGCGTTCCAGCTTAACCAGCAATCGGAGCGGCAGTAAAAGACCAGTGGTTGGTCCAGGTGCCCGGCCGTGGCTTTTTGCAGGTTACGCACGAAGTAGTCCTGCCATGCCGGGCTCAGTTCGCCGTCGCCGGTGTTGGCCAGCCACAGGCTGCCAGGGAGGTTGCTATGCGGCTGGTCTTCTATGAAGCGACCTTGCAGCCATTGACGGCGATAGACGTCGATCAGCACCGGCCGGGGCGT > ACB122/3047123‑3047378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |