Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 3,957,240 | C→T | 100% | G137R (GGG→AGG) | dmlR_13 ← | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 3,957,240 | 0 | C | T | 96.8% | 212.6 / ‑1.6 | 63 | G137R (GGG→AGG) | dmlR_13 | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (33/28); total (33/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCCGGTACACCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGAT > ACB122/3957113‑3957371 | tCCGGTACACCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCC‑CGGTGGTGAACACGGCAATCCTTTAGGCCa > 8:289589/1‑135 (MQ=255) cGTGTGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGGATGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACTGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCgg < 4:43046/135‑1 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGt > 5:238344/1‑135 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGt > 3:230800/1‑135 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCC‑GGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGtt > 3:283709/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 5:208178/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 4:1740/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 4:114420/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 1:5639/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 6:84820/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTg > 3:104116/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACAGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGttt > 1:227292/1‑134 (MQ=255) cAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 7:131767/135‑1 (MQ=255) cAGGGAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTg < 5:133785/135‑1 (MQ=255) aGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTg < 6:128644/134‑1 (MQ=255) aGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 7:279001/134‑1 (MQ=255) gTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGGGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGa > 2:54245/1‑135 (MQ=255) cgcgCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTc < 2:257580/135‑1 (MQ=255) cgcgCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTc > 3:44738/1‑135 (MQ=255) cgcgCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTc < 1:249225/135‑1 (MQ=255) cgcAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGa < 4:20049/135‑1 (MQ=255) aGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATca > 5:261563/1‑135 (MQ=255) aGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATca > 7:174396/1‑135 (MQ=255) aGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGCGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTAGATca > 2:109415/1‑135 (MQ=255) gATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATcaccac < 6:49537/135‑1 (MQ=255) aTGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATcaccacg > 1:198380/1‑134 (MQ=255) aTGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGGCAGCTCGATCACCACt > 3:266629/1‑135 (MQ=255) gCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTc < 6:204747/135‑1 (MQ=255) tGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCg < 8:126732/135‑1 (MQ=255) tGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCg < 8:99623/135‑1 (MQ=255) gAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGc < 5:200397/84‑1 (MQ=255) gAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGc > 6:200397/1‑84 (MQ=255) aaTATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTa < 5:260547/135‑1 (MQ=255) aaTATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTa < 5:82446/135‑1 (MQ=255) tatTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTaaa > 7:66763/1‑135 (MQ=255) tGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGc < 2:100897/135‑1 (MQ=255) gAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATc > 2:287265/1‑135 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCAGCGTCCACGGTGATCTCCACGTCATGCCTTTCGGGCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCTTGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 7:186616/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 1:287265/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 4:44738/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 8:174396/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 1:49453/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 6:249385/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 5:84820/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 4:104116/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 4:283709/135‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGGCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 5:239595/134‑1 (MQ=255) aCGGTGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACCGCCCCATGCCGTGc > 1:42381/1‑135 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCATTTCGGCCAGCGGGGCGGGTTTGCGCTGCGACAGCGTAAGCTAGATCACCACTTCCTGGTAAAGCATGTTGTCGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 2:77839/135‑1 (MQ=255) cGGGGATCACCACGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 1:54245/135‑1 (MQ=255) caccacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTg < 7:113415/135‑1 (MQ=255) accacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTg < 3:87689/41‑1 (MQ=255) accacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTg > 4:87689/1‑41 (MQ=255) accacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTg > 7:38665/1‑134 (MQ=255) accacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTg > 8:106474/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 4:87115/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 1:32015/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 2:21445/1‑134 (MQ=255) aTGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCCTGCCGTGCGGGCAGTGCCAAc > 6:136388/1‑131 (MQ=255) aTGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAAc > 4:43229/1‑131 (MQ=255) aTGCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGGTGTAGCCGGCCACCCGCGGCATCAGCAACAGCCCCCTGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAg > 5:143860/1‑135 (MQ=255) gCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCCTCCGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGAt > 2:194955/1‑135 (MQ=255) gCCTTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGAt > 8:147145/1‑135 (MQ=255) | TCCGGTACACCGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGAT > ACB122/3957113‑3957371 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |