Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 2,730,166 | 0 | T | G | 33.9% | 69.5 / 11.3 | 62 | V1336G (GTG→GGG) | CJ019_02576 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/22); new base G (0/21); total (19/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAACTGCGAGTGATGATATGGCGCACGAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAGGACCTTCTCCTG > ACB122/2730033‑2730302 | aaaCTGGGAGGGATGATATGGCGCACGAGGCACAGGGGATCGGCCCGGCGTGAGCGGGCGTTGGTTACGCTCGGGGCCCGGATTTGGGGGTTGGCGGTGCTTGTGAAAATTGCCGTTGAACTTGTTTAT‑GGGTgggg < 2:313899/136‑1 (MQ=255) gTGATGATATGGCGCACGAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGgcgc > 6:49571/1‑137 (MQ=255) tatatGGCGCACTAGGAACAGGGGATCTGCCCGGCCGGAGGGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCGGGATGGGGCGGTTGGCGGGGCTTGAGCAAATTGCCGGTTAACATGCTTATGGGGGGGGGGCGGGCGCTGAat < 6:313384/136‑1 (MQ=255) atatGGCGCACTCGGCACAGCGTTGCTGCCGGGCCTGTGCGGGCCTTGCGTAAGCGCGGTGCCCGGAGGGGGGGGTTGGGGGTGCTTGACCAAATTGCCGCTCAACTTGCTTAGGGGGGGGGGGCGGGCGCTGAatc < 8:321695/137‑1 (MQ=255) atGGCGCACGAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCTGAGCGGGACTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAatcga > 2:256908/1‑137 (MQ=255) gcgcACGTGGCAACGCGTATCTGCCGGGCCTGAGCGGGCTTTGCTGAAGCTCGTTGCCGGTATGTGGGGGTTGGCGGTGCTTGAGCAATTTGCCGCTTAACATGCTTTTCGGGGGGGGGGGGGCGCTGAatcgatcg < 6:206419/137‑1 (MQ=255) gcgcACGAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCGGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACACGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAatcgatcg < 1:38226/137‑1 (MQ=255) gtggCACAGCGGACCTGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGACGCGCGGTGCCCGTATGTGGGGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTAATGGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCg < 3:62955/135‑1 (MQ=255) gAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGAGCTGAATCGATCGAATTCg > 3:195217/1‑137 (MQ=255) tGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGaa > 8:61516/1‑137 (MQ=255) tGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGaa > 8:151936/1‑137 (MQ=255) cccGGCCTGTGCGGGCGTTGCTGACGCTGGGTGCCCGGTTGTGGCGTTGGGCGGTGCTTTCGCAAATTGCCGCTTAAAATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATc < 6:2150/137‑1 (MQ=255) ccTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGATTCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCtt > 4:247177/1‑137 (MQ=255) tGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTgc < 3:82037/137‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGGGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGGGCTGTAGAAAATTGCCGCTTAACATGCTTATCGGGGGGGGGGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTgc < 7:357965/137‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGGGCCCGGATGTGGCGGGGGGCGGTGCTTGAGAAAATTGCCGCTGAACATGCTTAGCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTgc < 5:4506/137‑1 (MQ=255) gcgggggCCTGGCTTAAGCGCGGTGCCCGTTGGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGCGCAAATTCCCGCTTAACATGCTTAGGGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTgcg < 4:50279/133‑1 (MQ=255) cGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCaa > 5:360655/1‑137 (MQ=255) gggCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAg > 2:121461/1‑137 (MQ=255) gggCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGAGGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAg < 5:42385/137‑1 (MQ=255) ttGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTctct > 3:345010/1‑137 (MQ=255) tggCTGAAGCGCGGTGCCCGGATGTGGCGGTGGGCGGTGCTTTACAAAATTCCCGCTCAACTTGCTTATCGGGGGGGGCGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTctct < 5:326980/135‑1 (MQ=255) tGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTg > 1:285554/1‑137 (MQ=255) tGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTg > 2:51072/1‑137 (MQ=255) tGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGcc > 4:23883/1‑137 (MQ=255) gCCGGGTTGTGGCGGTGGGGGGTGGTTGAGCAAATTGCGGGTTAACATGATTATGGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCa < 2:247221/137‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGGGGCGGGTGGCGGTGCTTCAGCAAATTGCCTCTGAACATGCTTATGGGGTGGGGGCGGCCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGTCCa < 2:242116/137‑1 (MQ=255) gCCCGGATGTGGGGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATCCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCa < 2:251556/137‑1 (MQ=255) gCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTATGGACTTGCCTGGCCa > 2:282584/1‑137 (MQ=255) cccGGATGTGGCAGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCaa > 2:95766/1‑137 (MQ=255) ccGGATGGGGCGGTGGGCGGGGCTTGAGCAAATTGCCGCTCAACAGGCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAAc < 6:61237/137‑1 (MQ=255) tgtgGCGGTTGGCGGTGCTTGACCAAATTCCCGCTCAACTTGCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGAt < 8:204723/137‑1 (MQ=255) ggggggttgggggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGATTATAGTGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGa < 6:323460/133‑1 (MQ=255) ggcggttggcggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGaa < 4:258094/137‑1 (MQ=255) gggttgggggtGATTGAGCAAATTGCCGCTCAACATGCTTAGGGGGTGGGGGGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 6:360655/136‑1 (MQ=255) gggttggcgttGCTTGAGCTAATTGCGGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCTAATTCGCCTTGGCCTATCGTATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 1:174094/136‑1 (MQ=255) gggttggcggtTTTTGTGAAAATTGCCGCTTAAAATGCTTATGGGGTTGGGGCTGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 7:387477/136‑1 (MQ=255) gggttggcggtGCTTGAGCAATTTCCCGCTCAACATGATTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 5:266372/136‑1 (MQ=255) gggttggcggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 7:288911/136‑1 (MQ=255) gggtgggcggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTAGCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 5:105497/136‑1 (MQ=255) ggggtgggggtGCTTGACAAAATTGCCGCTTAAAATGCTTATGGGGGGGGGGGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 4:345010/133‑1 (MQ=255) ggggtggcggtGCTGTCGAAAATTGCCGCTGAACATGCTTAGCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 2:285554/133‑1 (MQ=255) cgtgtggcggtGCTTGAGAAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGTTGGTGGGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTCGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTTCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 6:202304/133‑1 (MQ=255) cggttggcggtGGTTCAGCAAATTGCCGCTTAACATCCTTTTGGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt < 4:331311/137‑1 (MQ=255) cggttggcggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAAt > 4:206773/1‑137 (MQ=255) ttgggcggtGCTTGACCAAATTGCCGCTGAACATGATTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGACTTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGc < 5:290733/134‑1 (MQ=255) tggcggtGCTTGAGAAAATTGCCGCTTAACATGATTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGctc < 2:107906/137‑1 (MQ=255) gggtGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACTTGGTTTTCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATTAAATGCTCTAt < 3:223217/136‑1 (MQ=255) tGAGAAAATTGCCGCTTAACATGCTTATGGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGa < 5:49571/137‑1 (MQ=255) ggagaAAATTGCCGCTGACCATGCTTATCGGTGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGa < 4:197448/136‑1 (MQ=255) tcccGCTTAAAATGATTCTCGGTGGGGGGCGGGCGCTGAATCTATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCt < 7:50087/135‑1 (MQ=255) tGCCGCTTAACATGCTTATCGGTTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCTGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCt < 5:255972/137‑1 (MQ=255) tggttttCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAgg < 5:324000/131‑1 (MQ=255) tGCTTATCGGGTGGGGGGGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGACTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAgg < 7:352849/137‑1 (MQ=255) tGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAgg < 7:102004/137‑1 (MQ=255) tGCTTAGCTGGTGGGGTCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAgg < 6:120105/137‑1 (MQ=255) ggCTTATCGGGGGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAgg < 8:142812/136‑1 (MQ=255) ggTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCGTTGAGTAACCAGGACCTACTcc > 8:268649/1‑137 (MQ=255) ggTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTa > 5:211135/1‑122 (MQ=255) ggTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAGGACCTTCTcc > 4:101850/1‑137 (MQ=255) ggTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAGGACCTTCTcc > 4:107519/1‑137 (MQ=255) gTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAGGACCTTCTCCt < 3:206773/137‑1 (MQ=255) tGGGGGCTGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGGCAGCCCGATGAAATGCTCTATGCATGGATACATGCATGGAGTTACCAGGACCTTctgctg > 2:372023/1‑137 (MQ=255) | GAACTGCGAGTGATGATATGGCGCACGAGGCACAGCGGATCTGCCCGGCCTGAGCGGGCCTTGCTGAAGCTCGGTGCCCGGATGTGGCGGTTGGCGGTGCTTGAGCAAATTGCCGCTGAACATGCTTATCGGGTGGGGGCGGGCGCTGAATCGATCGAATTCGCCTTGGCCTATCGAATCGGCTTGCGCAAGTCTCTGGACTTGCCTGGCCAACCCGATGAAATGCTCTATGCAGGGATCCCTGCCTTGAGTAACCAGGACCTTCTCCTG > ACB122/2730033‑2730302 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |