| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 759,413 | 0 | T | G | 55.2% | 4.3 / 20.6 | 30 | intergenic (+22/‑146) | mmuM_1/CJ019_00729 | Homocysteine S‑methyltransferase/L‑methionine gamma‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/7); new base G (16/0); total (23/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.88e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGATGCTGCA > ACB122/759280‑759523 | gggCTACCTGGCAGGGGCCAAGGACGGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTGTCGTTGCCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTACGCTCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGAtt < 2:279958/135‑1 (MQ=255) ggTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCttt < 6:397242/135‑1 (MQ=255) gggCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCCACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GGCCC‑GGGC‑GGGGTTTGC‑GCg‑c‑cccg‑c > 8:197237/1‑135 (MQ=255) gggCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCCGCg‑c‑ccggg > 4:119985/1‑134 (MQ=255) aaGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGGGTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGcc > 3:160439/1‑134 (MQ=255) aaGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTGCCGCG‑C‑Cccg‑cccgcc > 6:130074/1‑134 (MQ=255) aaGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGcc > 3:160442/1‑134 (MQ=255) aCTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCCGCG‑C‑CCGG‑CCCGCC‑G‑CCa > 2:352011/1‑135 (MQ=255) cTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCa > 3:233210/1‑134 (MQ=255) gTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCCCATCGCCGAGCTGACACGCAACCTTGCCTAAGCGCCCACGTGGG‑CC‑GGGG‑GCGTTTTGC‑GCG‑CTCCGC‑CCCGCG‑G‑ccttgaa > 1:470020/1‑129 (MQ=255) gTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTTCAGCG‑C‑CCCG‑CCCGCC‑GCCCATTaa > 2:402760/1‑134 (MQ=255) tGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTGCAGCC‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCATTaaaa > 7:361119/1‑134 (MQ=255) gcgGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GCGC‑GGCGTTTGCCGCC‑C‑CCGC‑CCCCCC‑G‑GCCTTtaaaaaaa > 3:278864/1‑135 (MQ=255) ggggTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGG‑GGGGTTTGGCCCGCC‑CCGG‑CCCCCG‑G‑CC‑GTAAAAAAAA‑Cg > 1:148387/1‑135 (MQ=255) ggggTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGCC‑G‑CCATTTAAAAAAA‑Cg > 7:145604/1‑135 (MQ=255) ggggTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑CGGG‑GGCCTTTGGAGCG‑C‑CCCC‑CCCGCACG‑CCCTAaaaaaaaag > 8:357449/1‑134 (MQ=255) ccAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTTGAGCGCC‑CCGC‑CCCCCC‑C‑CCAGTAAAAAAAA‑cccccgc > 5:532042/1‑132 (MQ=255) gTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑CGGC‑GGCGTTTGCCGCG‑C‑CCCG‑CCCCCC‑G‑GCCTTAAAAAAAA‑CCCCCGTCAGCCCCgg > 3:52152/1‑135 (MQ=255) ggcggTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGGGTTTGGCGCG‑C‑CCGG‑CCCGCC‑G‑CCCGTAAAAAAAA‑CGCCCGGCAGGCCCggggt > 1:303203/1‑132 (MQ=255) ggcggTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCCTTAAAAAAAA‑CGCCCGTCAGACCCGGGtt > 8:422394/1‑135 (MQ=255) ggcggTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCAGCG‑C‑CCCG‑CCCGCC‑G‑CCAGTAAAAAAAA‑CCCCCGTCAGCCCCGGact > 6:395326/1‑133 (MQ=255) ggcggTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTGGCGCG‑C‑CCGG‑CCCGCC‑G‑CCCTGAAAAAAAA‑CGCCCGGCCGAccccgctt > 7:142983/1‑130 (MQ=255) ggcggTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑CGGC‑GGCGTTTTCAGCG‑C‑CCCG‑CCCCGA‑G‑CCAATAAAAAAAA‑AGCCAGTCAGAccccgggt > 1:302889/1‑130 (MQ=255) ccGGACCACACCGCCGTGCTCAACCCCACCCGGGCCTCCCCGCCCCGGG‑GG‑CG‑GGGG‑GGTTTTGGCCGCC‑C‑CGGC‑CCCGCA‑G‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCg < 4:204498/135‑1 (MQ=255) gCCGAGCTCAAACGCAAGCTGGCATAAGCGCCCCCGT‑GG‑CC‑GGGG‑GGTTTTTGCCGGG‑C‑CGGG‑CCCGCA‑G‑‑CATTAAAAAAAACCGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCtat < 3:435272/135‑1 (MQ=255) tGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGGGTATGCCGCG‑C‑CCCG‑GCCGCA‑C‑CCATTAAAAAAAA‑AGCCCGTCAGGCCCGGATTCCCACCTTTTTAAAGCCTCCCACATCTACCGAAAGACCGc > 8:120764/1‑135 (MQ=255) cAACCTGCCCTCGGGGCCCACG‑‑GG‑CC‑GGGCGGGTTTTTGCGGGC‑G‑GGGG‑CCGGGT‑G‑CAATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGc < 4:278864/135‑1 (MQ=255) gggCCAACGCGCCCCGGG‑GG‑CG‑GGGG‑GGCTTTTCCCGCC‑C‑CCGC‑CCGGCA‑G‑CCATAAAAAAACA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGAtg < 6:278995/134‑1 (MQ=255) ggCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCGTTTTGAGCG‑C‑CCCG‑CCCGCC‑C‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCCCTCAGCCCCGGAGTCCCACGGTTTTTAGGCCGCCCTCCTCTCCCGATATTGCCCGGGAGGCCgcagc > 4:240468/1‑131 (MQ=255) gccaacgcgcCC‑CGG‑GG‑CCGGGGC‑GGCTTTTGCCGCG‑C‑CCGC‑CCCGCA‑G‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGAtgct < 8:142983/129‑1 (MQ=255) tacgcgcCCCCGT‑GC‑GC‑GGGG‑GGGTTTGGC‑GCC‑C‑CCGGCCCCGCA‑G‑CCATAAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGATGCTGCa < 2:343305/132‑1 (MQ=255) tAAGCGCCCCCGT‑GG‑CG‑GGGC‑GGCTTTGCCCGCC‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGATGCTGCa < 4:361757/135‑1 (MQ=255) | GGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGCCAGCATGGTCGGCGGTTGCTGTGGCATCGGCCCGGAGCACATCGCCGAGCTGAAACGCAACCTGGCCTAAGCGCCCACGT‑GG‑CC‑GGGC‑GGCTTTTGCAGCG‑C‑CCGG‑CCCGCA‑G‑CCATTAAAAAAAA‑CGCCAGTCAGACCCGGATTCCATCGTTTTTCAGGCCTCCGTCATCTCCCTATAGTCCGCTGAAGGCCGATGCTGCA > ACB122/759280‑759523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |