| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 4,805,234 | 0 | A | T | 28.8% | 58.5 / 11.4 | 55 | intergenic (+161/‑588) | dsbG/CJ019_04513 | Thiol:disulfide interchange protein DsbG/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/33); new base T (8/7); total (14/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTGGAGACACATTGGTGATTGG > ACB143/4805100‑4805368 | gcCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa < 1:166045/135‑1 (MQ=255)gcCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa > 6:309550/1‑135 (MQ=255)gcCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa < 4:135308/135‑1 (MQ=255)gcCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGGTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa < 6:327475/135‑1 (MQ=255)gcCGGGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa < 7:106193/135‑1 (MQ=255)gcCGGGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTa < 6:128218/135‑1 (MQ=255) ccGTGAAGCCGGCGAGGTGTGGCAGGTCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCTCGCTATCTGCTTTGTTTTTCTCCATGACCTTTATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGAAg < 8:347509/135‑1 (MQ=21) cgggacgCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAgg < 6:270004/129‑1 (MQ=255) aGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑TG‑C‑‑gg > 5:265710/1‑135 (MQ=255) aCGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑GG‑A‑‑GGGgtttaac > 8:327327/1‑131 (MQ=255) 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tCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTTGG‑GG‑CG‑GGGTTTA‑CCCCGGAAGGGGCGGGCCGGGGGGGCCAAttgc > 5:147501/1‑133 (MQ=255) tCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTTGG‑AG‑C‑‑GGGGTTA‑ACCGCGAAATGGCCGGACCTGCGGGCCCAtttac > 6:171858/1‑133 (MQ=255) gcctcgggggCTCGCGCTACCGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCGGCGGGGTCGGCGGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑Gt < 5:102909/129‑1 (MQ=25) tACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTGGG‑GG‑G‑‑GGGGTTG‑CCCCCGCAATGGGCGGCCCTGGTGGGCCATTTCCACCCGCCGGTGACC‑GGTgg > 6:328567/1‑134 (MQ=255) cGGGGCGCCGGCGAAGGGCTGGGTTATGCGCAAGGCCCTGTATCGCACGGCCTGCGCGTTCGGCCGTAGC‑TG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTg < 8:173723/132‑1 (MQ=17) ggggCTCGCGCTACGGGCTGGGTTTGGCGCCAGGCCGGTGATCGCACGGCCGGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgc < 2:249942/135‑1 (MQ=21) ggggCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTCCGCCAGGCCCGTCTACCCACGGCGGGGGGGGTCGGCCGTTGT‑AG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgc < 3:46567/135‑1 (MQ=18) ggggCGCGCGCTAACGGGGGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCACGGCCGGGGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgc < 3:232299/135‑1 (MQ=21) gggCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgc > 2:135278/1‑131 (MQ=255) gggCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgc < 1:135278/131‑1 (MQ=255) ggCTCGGGCTAAGGTCTGGTTTTTGGCCCTGGCCCGTGTTCGCATGGGCTGCGCGGTCGGCCTTAGG‑AG‑C‑‑GGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgccg < 2:6955/135‑1 (MQ=17) ggCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgccg < 2:282389/135‑1 (MQ=255) gccTCGCGCAAACGGCGGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGAACGCACGGCGTGCGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTgccgccg < 5:307438/133‑1 (MQ=21) gcgcTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTTGG‑GG‑CG‑GGGTTTA‑ACCCCG‑AAGGGGCGGGCCGGCGGGGCCATTTACACCACCCGGTGACCGGTTgccccccccca > 2:286299/1‑133 (MQ=255) gcTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTTGG‑GG‑C‑‑GGGGTTT‑CCCCCCCAAGGGCCGGCCCAGGGGGCCAAATTCCCCCCCCCGGTGACC‑CGTGCCCCCGCCCCTgg > 1:222111/1‑134 (MQ=255) tAACGGGGGGGTTTGGCCCCAGCCCCGTCACCCCACGCCCTGCGGGGGCGGCCGATGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTAt < 1:358082/135‑1 (MQ=17) aaagggCGGGGTTTTGCGCCCGGCCCGTTATCGCACGGCCGGCGGGGGCGGCCGTAGG‑AG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTAt < 1:273826/131‑1 (MQ=18) gcgggtttttGCGCCAGGCCCGTGATCGCACGGCCGGCGCGGTCGGCCTTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTcgcg < 8:171149/129‑1 (MQ=18) gcggggTTTTGCGCCCGGCCCGTTAGCGCACGGCGTGCGCGGCCGGCGGTTGT‑AG‑G‑‑GGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTcgcg < 3:98345/132‑1 (MQ=18) ttttgGCGCCTGGCCGGTGATCCCATGCCCGGCGGGGTGGGCGTTAGG‑CG‑G‑‑GGTTTTC‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 7:336652/134‑1 (MQ=17) gTTTTGCGCCAGGCCGGGTATCGCATGGCCGGCGGGGGCGGCCGTAGG‑AG‑G‑‑GGGTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 7:1310/135‑1 (MQ=17) gTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 1:55060/135‑1 (MQ=255) gTTTTGCCCCCGCCCGGTTACCGCACGGCCGGCGGGGTCGGCGGTAGT‑AG‑G‑‑GGTTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 3:147940/135‑1 (MQ=14) gTTTTGCCCCAGGCCCGTTATCGCCCGGCGGGGGGGGTCGCCGGTTGG‑CG‑G‑‑GGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 8:69753/135‑1 (MQ=14) gTTTTGCCCCAGGCCCGTGATGGAAGGCCCTGCGCGGTCGGCGGTTGG‑TC‑G‑‑GGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 8:228792/135‑1 (MQ=17) gTTTTCCCCCTGCCCCGTGATCGCAACGCCTGCCGGGTGGGCCTTAGG‑CG‑C‑‑GGGTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 2:248835/135‑1 (MQ=17) gTTTGGCCCCAGGCCGGTTATCGCACGGCCTGCGGGGGCGCCCGTAGG‑CG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTaa < 3:37961/135‑1 (MQ=14) ttGCGCCAGGCCGGTGATCGCAAGGCCTGGGGGGGCGGCCTTAGG‑AG‑C‑‑GGTTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAAc < 1:240293/134‑1 (MQ=18) tggcgcCCGGCCGGTTATCCCATGCCCGGCGCGGGCGGCCTTAGG‑CG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAAc < 1:321501/132‑1 (MQ=14) aGGCCCGTGATCGCACGGCCTGCGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 2:289461/135‑1 (MQ=255) ggttagcGCAGGGCGGGCGCGGGCGGCCGTCGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCt < 7:269621/129‑1 (MQ=14) cgttaccGCACGGCCGGGGCGGGCGGCGTTAGT‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCt < 3:358991/129‑1 (MQ=14) cGTGATCCCATGGCGTGGGCGGGCGGCCGTTGG‑TG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCt < 7:335522/135‑1 (MQ=17) ttaTCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCTTAGG‑AG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGa < 8:223498/133‑1 (MQ=255) tGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCTTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGa < 1:217818/135‑1 (MQ=255) tGATCCCACGGCGTGCGGGGGCGGCCGTAGG‑CG‑G‑‑GGTTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGa < 3:80108/135‑1 (MQ=17) atggCCTGCGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑G‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCggggg < 6:82298/133‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTa < 5:257820/98‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTa > 6:257820/1‑98 (MQ=255) gccgtGCGCGGTCGGCCGTAGT‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTg < 1:258390/131‑1 (MQ=255) gcgtGCGCGGGCGGCCGTAGC‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGATAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTgg < 5:152337/132‑1 (MQ=255) gCCTGCGGGGCGGGCCGTTGG‑CG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTgg < 3:247989/135‑1 (MQ=17) gCCGGCGCGGTCGGCCGTAGG‑TG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGAGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTgg < 2:306446/135‑1 (MQ=255) tGCGCGGGCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTGgaga < 8:38726/135‑1 (MQ=255) ggCGGTAGG‑TG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTGGAGACACATTGGt < 3:282399/135‑1 (MQ=255) aGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGGGGAGACACATTGGTGATTgg < 1:290415/135‑1 (MQ=255) | GCCGTGAAGCAGGCGACGTGGGGCATGGCACCGGCTACGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGGGCTCGCGCTAACGGCTGGGTTTTGCGCCAGGCCCGTGATCGCAAGGCCTGCGCGGTCGGCCGTAGG‑AG‑C‑‑GGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCGTTCACC‑GTTGCCGCCGCCACTGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTGATCGGGGGTGGAGACACATTGGTGATTGG > ACB143/4805100‑4805368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |