| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,343,972 | T→G | 14.7% | N258T (AAC→ACC) | tsdA ← | Thiosulfate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,343,972 | 0 | T | G | 14.7% | 124.4 / 2.4 | 63 | N258T (AAC→ACC) | tsdA | Thiosulfate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/33); new base G (8/3); total (27/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCCCTTGTCCGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGTTGTAGGAATCC > KT2440/4343840‑4344103 | gTCCCTTGTCCGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGtt > 2:130974/1‑134 (MQ=255) ttGTCCGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATCCa > 5:237834/1‑135 (MQ=255) ttGTCCGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑GGGCGGGTGATGCa > 7:333467/1‑135 (MQ=255) ccGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCAcgc < 2:290356/134‑1 (MQ=255) cGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGCTTAACCCCATCATTGCCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCGCG‑TGGCGGTTGATCCAcgccg < 8:350142/135‑1 (MQ=255) gATCAGCACCCCATCCACCTTCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAACCTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCAcgccg < 2:154594/134‑1 (MQ=255) gATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCAcgccg < 1:156204/134‑1 (MQ=255) gATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCAcgccg < 6:136811/134‑1 (MQ=255) gATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCAcgccg < 1:5196/134‑1 (MQ=255) aGCACCCCATCAACCTGCATACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACg < 3:266484/135‑1 (MQ=255) cAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCCCGTCCCAGGCct > 6:155523/1‑135 (MQ=255) aaCCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCctg < 7:324913/135‑1 (MQ=255) aaCCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCctg < 1:231645/135‑1 (MQ=255) aCCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCctg < 8:102564/134‑1 (MQ=255) tGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGAt > 4:172808/1‑136 (MQ=255) ttACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATCCCCGCCGCCCCGTCCCCGGCCTGCTGATCg > 8:68799/1‑135 (MQ=255) ttACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑GGGCGGGTGATCCACCCCGCCCCGGCCCCGGCCTGCTGAACg > 7:183457/1‑135 (MQ=255) aCCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCctgc < 7:93082/127‑1 (MQ=255) aCCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCctgc > 8:93082/1‑127 (MQ=255) caaTACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAAATTCACCCGCTTCTTCTCGATGGAGCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGTTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTg < 4:13611/133‑1 (MQ=255) aCAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGc < 1:19321/135‑1 (MQ=255) ttAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCACCCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGccc < 6:25682/135‑1 (MQ=255) cccATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCtt < 5:271438/135‑1 (MQ=255) cccATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGCTCCACGCCGCCCCCTCCCAGGCCTGCTGATAGCTGAGGCTGCCCCGcgt > 1:286435/1‑133 (MQ=255) cccATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATGCACGCCGCCCCGGCCCCGGCCGGCTGAGAGCTGAGGCTGGCCGGCtt > 5:273527/1‑135 (MQ=255) cccATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATACACGCCGCCACGGCCCAGGCCTGCTGCTCGCGGAGGCTGCCCGGCtt > 7:157845/1‑135 (MQ=255) catTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCa > 7:175272/1‑135 (MQ=255) ttGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCACCCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGGGGTTGTGCCACGCCGCCACGGCCCAGGCCGGCAGATCGCGGAGGAGGCCCGGCTGGCCCAgg > 7:128987/1‑134 (MQ=255) ttGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGc > 7:248575/1‑135 (MQ=255) ttGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGc < 6:237834/135‑1 (MQ=255) ggCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCgg < 4:353964/135‑1 (MQ=255) cctGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCa < 7:83822/133‑1 (MQ=255) tGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCAtg < 6:245160/135‑1 (MQ=255) aaaCTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCAtgttg > 4:121325/1‑136 (MQ=255) aaCTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACCTCCCACGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCAtgttgt > 4:155398/1‑136 (MQ=255) ccGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCct < 7:256450/86‑1 (MQ=255) ccGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCct > 8:256450/1‑86 (MQ=255) ccGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATCCACGCCGCCCCGTCCCCGGCCTGCTGCTCGCTGGGGCGGCCCCGCGTGCCCACCGGCAGGTTGTACTtgat > 7:368434/1‑135 (MQ=255) ccGCGTATTCTAGATGGCTCCCTCTACCTCCAGCGGGTCCTGTGGCCGCTCGTTGGGGGTGGAGCC‑CGCCGCCCCGGCCCCGGCCTGGTGATAGCGGAGGGGGCCCCGCTTGCCCGCCGGCGGGGTGTGGTtgatg > 4:97654/1‑136 (MQ=255) gcgTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGaa < 3:172808/136‑1 (MQ=255) tctcGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCCGCCCGTCCCCCGACAGCTGATCGCTGCGGCTGCCCGGCATGCCCGCCCGCATGTTGTCAGTGTTGTacgacg > 2:128185/1‑135 (MQ=255) tctcGATGGATCCCTATACCACCCGCGGGTCCTGTGGCCGCGCG‑GGGCGGTGTATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATCAacgacg < 4:6439/135‑1 (MQ=255) tcGATGGTTCCCTCTACCAACCGCTGGGCCTGTGGCCGCTCG‑TGGGGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCTGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGACCTGCGGCTTGTTGTATTTGATGAacgacg < 6:207243/133‑1 (MQ=255) tcGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCGGCGCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAacgacg < 5:329288/133‑1 (MQ=255) tcGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAacgacg < 7:342872/133‑1 (MQ=255) tcGATGGAGCCCTCTACCACCCGCGGGTCGTGTGGCCGCTGG‑TGGGGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAacgacg < 1:130974/133‑1 (MQ=255) cccTCTCCCACCCGCGGGTCCTGTGGCCGCGCG‑GGGCGTTTGAGCCACGCCGCCACGGCCCAGGCCTGAGGAGCGCTGTGGCTGCCCGGCTGGCCCAGCGGAATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTg < 5:207182/135‑1 (MQ=255) ccTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCCCGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGa > 8:183096/1‑135 (MQ=255) cgctACCAACCGCGGGTCGTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTGGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCGGCCCGGCTGGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTg < 8:333467/131‑1 (MQ=255) ccGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCAt < 1:220943/135‑1 (MQ=255) gcgGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TTGCGGTTGATCCACGCCGCCACGGCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCCCCGGCATGTTGTACATGATGAACGACGCCGCCGTATTTATGCGGTGGATGc > 2:315283/1‑135 (MQ=255) gcgGGTCCTGTGGCCGCGCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGc < 8:283591/135‑1 (MQ=255) gggTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCCCGCCGCCACGTCCCCGGCCTGCGGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGTACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGGCAg > 4:46613/1‑136 (MQ=255) gggTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAg > 3:339419/1‑136 (MQ=255) gggTCCTGTGGCCGCTCC‑TGGCGGTTGGTACACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCCGATCGCTGAGGCAGCCCGGCTTGCCCAGCGGCAAGTTGTACTTGATGAACGACGCCCCGCTATTGATGCGGTCGATGccc > 6:159993/1‑134 (MQ=255) tCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGcc < 8:248575/135‑1 (MQ=255) tCCTGGGGCCGCTCG‑TGGCGGGTGATCCACGCCGCAACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCAAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGcc < 5:148765/135‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGG‑TGGGGGGTGAGCCACGCGGCCACGTCCCAGGCCGGCTGATCGCTGCGGCTGCCCGGCTGGCCAAGGGGCATGTTGTCCTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGccccc < 5:41382/135‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGccccc < 1:226311/135‑1 (MQ=255) gCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGGTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGGATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGtt > 3:266162/1‑136 (MQ=255) gCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGTTGTa < 4:126377/136‑1 (MQ=255) ggggggTGGAGCCACGCCGCCACGGCCCAGGCGTGCTGATCGCTGAGGCGGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGAACTTGATCAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGTTGTAGGAAt < 3:46613/132‑1 (MQ=255) ggCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGTTGTAGGAAt > 7:272357/1‑135 (MQ=255) cGGTTGATCCACCCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATTCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGGTGTAGGAATcc > 2:140705/1‑135 (MQ=255) | GTCCCTTGTCCGATCAGCACCCCATCAACCTGCTTACCATACAGGTTAACCCCATCATTGGCATGAAACTTCACCCGCGTCTTCTCGATGGATCCCTCTACCAACCGCGGGTCCTGTGGCCGCTCG‑TGGCGGTTGATCCACGCCGCCACGTCCCAGGCCTGCTGATCGCTGAGGCTGCCCGGCTTGCCCAGCGGCATGTTGTACTTGATGAACGACGCCGCGGTATTGATGCGGTGCATGCCAGCCCCCCAGTTGTAGGAATCC > KT2440/4343840‑4344103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |