| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,749,286 | T→G | 23.0% | S294A (TCG→GCG) | macB → | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,749,286 | 0 | T | G | 23.0% | 30.9 / 2.2 | 39 | S294A (TCG→GCG) | macB | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/18); new base G (4/6); total (15/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
CGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCGCATC > KT2440/4749157‑4749417 | cGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCggtg < 6:80755/135‑1 (MQ=255) gtgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCgggggtgg > 4:191161/1‑135 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCgggggtggt > 1:28342/1‑135 (MQ=255) aCGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTg < 5:154538/135‑1 (MQ=255) ggTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCTGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGgtgtg > 3:108723/1‑134 (MQ=255) ggTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGGGGGGGGGGTTTTGTTgggggtc > 2:208786/1‑130 (MQ=255) gTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCgg < 8:238714/136‑1 (MQ=255) ccTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTg < 5:228065/135‑1 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGt > 6:366230/1‑133 (MQ=255) acggTAAACTGCGCGAATCGCTGCCGGGGGCTTGTCGAGGTTGGTGCCACAACCCCTTCCGCACGGCACTGACCCTTCTCGTAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTTATGTTGGCTGTCGGTTAAGgca < 4:39871/133‑1 (MQ=255) gAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGGTTGCGGTGAAGGCAGCaaa > 4:395381/1‑135 (MQ=255) gAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTAGGTGGTGGTGATTTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCaaa > 3:176433/1‑135 (MQ=255) aCTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCCTCATCGGAGTCGCGTCCGTGGTGGGGAAGTTGGGTGTAGGTGAAGGCAGCAAAcc > 4:68178/1‑134 (MQ=255) tGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACg > 1:29711/1‑133 (MQ=255) tGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGcc < 2:29711/135‑1 (MQ=255) tGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTTATGTTGGCTGTGGGGGGAGGGAGCAAACg > 5:95200/1‑133 (MQ=255) cTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGGGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGGGAAGGCAGCAAACGCCAg > 6:341984/1‑135 (MQ=255) gcGAATCGCGGCCGGCGGCATGGCGAGTGATGGGGATCAACCGCTTCCCCACGGCACTGACCCTGCTCGCAATCATCATCGGAGGCGCGTCGGGGGGGGTGATGTGGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAgg < 5:30981/134‑1 (MQ=255) aGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTGGGTGGGGGGGGTGTTTGGTGTGGGGGAAGGCCCCCAACGCCCCGTAATTGcaacga > 5:395189/1‑131 (MQ=255) aGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGGGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACCCCAGGTAATGGCACAgc > 3:114516/1‑134 (MQ=255) gCGAGTGAGGTGGATCACCCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCACCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCtt < 1:226503/135‑1 (MQ=255) cGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCtt < 1:45640/134‑1 (MQ=255) gATGTGCATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGCCCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGGCGCGGCGGTGTGGGTGTTGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTc < 6:444807/135‑1 (MQ=255) gATGTGCATCAACCGCTTCCGAACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGGTATGTGGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTc < 3:395381/135‑1 (MQ=255) cAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCta < 7:262134/136‑1 (MQ=255) cgtttCCGCACGGCAGTGACCCTTCTCGTATTCTTCATCGGTGTCGCGTCGGTGGTGGGGATGTTGGCTGTCGGTTATGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATAc < 6:112335/132‑1 (MQ=255) cGCTGCCGCACGGCAGTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGGCGCGGGGGTGGGGGGGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATAc < 2:372340/135‑1 (MQ=255) gCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTAGGTGGTGGTGGTGTTGGGGGTAGGGGAAGGCACGAAACGCCAGGTTAAAGCACAGCTGGCCGCCTTCGGCTCCCACATCCTATAcc > 6:90209/1‑135 (MQ=255) gCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAAt < 5:366230/134‑1 (MQ=255) cccGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGCAGTCGCGTCGGGGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATgg < 6:395189/133‑1 (MQ=255) cACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTGGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATgg < 2:28342/135‑1 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGTAGGCAGCAAACCCCAGGGAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTgcg > 4:230671/1‑135 (MQ=255) catcGGAGTCGCGGCGGGGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGGGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGc < 6:95200/135‑1 (MQ=255) caggggAGGCGCGTCGGGGGGGGTGTTGTTGGCTGCGGGTGATGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGc < 3:68178/131‑1 (MQ=255) tcGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCACCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCt < 3:362637/134‑1 (MQ=255) gaggggcgTGGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTTAAGGCACCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgc < 5:341984/130‑1 (MQ=255) gAGGCGCGTCGGGGGGGGTGATGTTGGCTGACGGGGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgc < 4:409490/135‑1 (MQ=255) gcgTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCGCATc < 4:365079/135‑1 (MQ=255) gcgTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCGCATc < 4:387313/135‑1 (MQ=255) | CGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCGCATC > KT2440/4749157‑4749417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |