| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 1,915,389 | C→T | 5.3% | R304H (CGC→CAC) | potA_3 ← | Spermidine/putrescine import ATP‑binding proteinPotA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 1,915,389 | 0 | C | T | 5.3% | 260.2 / 3.1 | 76 | R304H (CGC→CAC) | potA_3 | Spermidine/putrescine import ATP‑binding proteinPotA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/38); new base T (2/2); total (36/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
ATCAGGGTTTCGTCCAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCAAGGGT > KT2440/1915258‑1915507 | aTCAGGGTTTCGTCCAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCgg < 2:238777/134‑1 (MQ=255) cAGGGTTTCGTCCAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTg < 6:399817/135‑1 (MQ=255) aGGGTTTCGTCCAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGa < 7:396360/135‑1 (MQ=255) ccAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGac < 3:61232/135‑1 (MQ=255) ccAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGac < 2:281026/135‑1 (MQ=255) ccAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGac < 6:7701/135‑1 (MQ=255) ccAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGa > 1:413681/1‑134 (MQ=255) tCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGAccacca < 4:120683/135‑1 (MQ=255) gAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGc > 5:3392/1‑135 (MQ=255) aaaaTTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCt < 3:437427/135‑1 (MQ=255) ccAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTc < 8:283953/135‑1 (MQ=255) gTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTcgcg < 6:3392/135‑1 (MQ=255) gTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGATTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTcgcg < 2:7368/135‑1 (MQ=255) gTGCCAGTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTcgcg < 6:210943/135‑1 (MQ=255) ccATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGcgtac < 1:367008/135‑1 (MQ=255) cATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGcgtaccc < 8:202705/136‑1 (MQ=255) 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tAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCCGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGGAGCGGATc > 5:368531/1‑135 (MQ=255) tAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCt < 4:42767/103‑1 (MQ=255) tAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCt > 3:42767/1‑103 (MQ=255) tAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATc > 1:66153/1‑135 (MQ=255) tAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCa > 7:204855/1‑136 (MQ=255) aGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCAc > 6:445003/1‑135 (MQ=255) 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ccGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCca > 2:58115/1‑134 (MQ=255) ccGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCca > 2:275138/1‑134 (MQ=255) ccGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCca > 2:264293/1‑134 (MQ=255) acgcagcgcagTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGATGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTAGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCca > 5:93392/2‑134 (MQ=255) agcgcagTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAgg < 3:209160/135‑1 (MQ=255) gcagTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCtg < 5:325092/135‑1 (MQ=255) agTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCtgtg > 1:221206/1‑135 (MQ=255) ggTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGtt < 7:363781/115‑1 (MQ=255) ggTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGtt > 8:363781/1‑115 (MQ=255) ggTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTgc > 3:182110/1‑135 (MQ=255) ggTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTgc > 6:147296/1‑135 (MQ=255) atcgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGTGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCAcc > 6:76462/1‑135 (MQ=255) atcgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCAcc < 5:181672/135‑1 (MQ=255) atcgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCAcc < 1:417275/135‑1 (MQ=255) atcgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCt > 8:112181/1‑136 (MQ=255) tcgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCt < 3:389979/135‑1 (MQ=255) cgaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCg > 7:386723/1‑136 (MQ=255) gccacGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCCCCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCCCCTCg > 2:433529/3‑135 (MQ=255) gaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCgg > 7:40839/1‑136 (MQ=255) gaCACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCAGGCGAGCGGTTGATCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCg > 6:243380/1‑135 (MQ=255) acacGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGTGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCgg < 5:76462/135‑1 (MQ=255) acacGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCgg < 3:236536/135‑1 (MQ=255) cacGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGCCCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGc > 6:433207/1‑135 (MQ=255) cacGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGc > 5:73949/1‑135 (MQ=255) cccGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGc < 4:257257/134‑1 (MQ=255) ccGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTc > 4:363625/1‑135 (MQ=255) gTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGcc < 7:112181/136‑1 (MQ=255) ttttCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGcc < 6:68295/135‑1 (MQ=255) ttttCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGcc < 3:353248/135‑1 (MQ=255) ccgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGc > 4:98335/1‑135 (MQ=255) ccgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGc > 5:180255/1‑135 (MQ=255) ccgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCt > 8:274976/1‑136 (MQ=255) cgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTc < 7:274976/136‑1 (MQ=255) cgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTc > 8:146264/1‑136 (MQ=255) cgtccgCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTc < 8:386723/136‑1 (MQ=255) gtccgCGCTCAAGGCGGCCGGCGATCGGTTGAGCTCATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCAGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCGAGCTGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTc < 2:344078/135‑1 (MQ=255) gcgTGCAAGTCGTCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCa < 1:275138/135‑1 (MQ=255) gcgTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCCGCAGGCTGTGGCTGCGCACCGCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGcc > 8:418398/1‑134 (MQ=255) gcgTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGGGCGCCa > 3:393721/1‑135 (MQ=255) gCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCAAggg > 3:432243/1‑135 (MQ=255) cAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCAAGGGt < 8:204855/135‑1 (MQ=255) aaGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCAAGGGt < 1:58115/134‑1 (MQ=255) | ATCAGGGTTTCGTCCAGATCGAAAATTGCCAGTGCCATTGTGTTGAGTCTCCTTAAGCCACTTCCCGCAGCGCAGTGGGGTCGATCGACACGCTTACCCGTTTTCCGTCCGCGTGCAAGTCGGCCGGCGAGCGGTTGAGCACATCGACCACCAGCTCCACTTCGCGTACCCGTACCCGGTAGCGGATCACGTTGCCCAGCAGGCTGTGGCTGCGCACCTCGGCGTCCAGCTCGCCGTGCTCGCCAAGGGT > KT2440/1915258‑1915507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |