| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 2,503,721 | T→G | 14.7% | D356A (GAC→GCC) | copA_2 ← | Copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 2,503,721 | 0 | T | G | 14.7% | 112.7 / 2.1 | 66 | D356A (GAC→GCC) | copA_2 | Copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base G (2/10); total (25/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATGGCGGCGTGGTCCATACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCG > KT2440/2503593‑2503849 | aCATGGCGGCGTGGTCCATACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCAGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCCTGCTCAGCCCCGGGCGCGGGGCggggg > 1:163330/1‑135 (MQ=255) cggcgTGGTCCATACCGGCCATGCGGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTCGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCAc < 7:367001/136‑1 (MQ=255) ggcgTGGTCCATACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCAc < 6:189291/135‑1 (MQ=255) tCCATACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCCGGCACCGGCGcc > 6:364995/1‑135 (MQ=255) cGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGcc < 4:38614/135‑1 (MQ=255) cGGCCATGCGGCCGTGGTGCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGcc < 6:241182/135‑1 (MQ=255) cATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 7:117913/136‑1 (MQ=255) cATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 7:141662/136‑1 (MQ=255) cATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTGCTGGGGTCCAGGCCCGCCCTGGCAGCCATGCCGCCGTGGCCCATGGCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 7:76423/136‑1 (MQ=255) cATGCTGCCGTGGTGCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGGGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 7:113606/136‑1 (MQ=255) aggctgcCGTGGTGCATGCCCTGCGGATTGCTGGGGGCCCTGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCGGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCGGGcc < 5:21039/133‑1 (MQ=255) aggcggcCGTGGCGCAGGCCCGGCGGAGTGCGGTGGTCCAGGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGGGGCCCATGGCTTCCATGCGCCGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCCGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGcc < 1:412006/130‑1 (MQ=255) aTGCTGCGGTGGTGCATGCCGTGCGGATTGCTGTGGTCCATGCCGGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 3:91007/135‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCCCCGGGCGCGGGTCGGGGGCCGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc > 5:195490/1‑135 (MQ=255) aTGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCGCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 6:206924/135‑1 (MQ=255) tgctgcCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCCCCGGCGCCGGCAGCCCCGccc > 2:386496/1‑134 (MQ=255) gctgcCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCGCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGc < 4:181947/135‑1 (MQ=255) tgcCGTGGTGCATGCCCTGCGGAGTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCAc < 6:224547/135‑1 (MQ=255) ggcCGTGGTTCATGCCCTGCGGAGTTCTGGGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACg < 8:19434/135‑1 (MQ=255) tccGTGGTGCATGCCCGGGGGATTTCTGTGGTCCAGGCCCGCCAGGGCAGCCATGCCGCCGGGGCCCAGGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACg < 2:373978/134‑1 (MQ=255) gcCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACg > 2:155414/1‑135 (MQ=255) cggggTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACg < 4:65918/130‑1 (MQ=255) 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gggccATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCgg < 6:361326/129‑1 (MQ=255) ggTCCATCCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCgg < 4:191353/132‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCCCAGCCGGTGCGGTcc > 6:289371/1‑135 (MQ=255) aTGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTc > 1:330068/1‑134 (MQ=255) ggCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCCGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 4:159650/135‑1 (MQ=255) ggCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 1:17124/135‑1 (MQ=255) tcATCCATGCCGCGGGGGCCCTTGTCTTCCATGCTCCGCACCGGGGGCGGTTGGGGGGCTGGCACCGGCGCCTGCAGCCGGGCCGCACGGGCCAGGGTTCGGCGGGAAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 6:159290/133‑1 (MQ=255) gCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCCCGGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 7:404294/136‑1 (MQ=255) gCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGGGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 8:151799/136‑1 (MQ=255) gCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 8:402900/136‑1 (MQ=255) cATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 4:219091/135‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCACAGCCGGTGCGGTCCATGCTCGGGGCGAACAggg > 3:167323/1‑135 (MQ=255) ccgccgTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCCCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGgtg > 4:336943/1‑135 (MQ=255) gccgTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTa > 3:61273/1‑135 (MQ=255) cgTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCCTGCTGTGGGGGCACAGGGTGGAgg > 5:358060/1‑135 (MQ=255) cgTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCAGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCCGGCACAGCCGGTGCGGTGCATGCTCTGGGCGCACACGGGGTAgg > 5:145676/1‑135 (MQ=255) cccATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCAGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCGCTGGGCGAACAGGGGGTAGGCGGGt > 5:251338/1‑135 (MQ=255) cTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCCGCCCGGCCGCCCGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGGGCGGTCCATGCTCTGGGCGCACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTccc > 4:255547/1‑133 (MQ=255) ttCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCAccc > 7:118378/1‑136 (MQ=255) cATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCAccc < 4:230732/133‑1 (MQ=255) aTGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACg > 4:258847/1‑135 (MQ=255) tGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACgg > 4:430754/1‑135 (MQ=255) aGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCa < 7:236382/136‑1 (MQ=255) aGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCa < 8:36484/136‑1 (MQ=255) gCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCa < 3:198938/135‑1 (MQ=255) gCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCa < 3:258847/135‑1 (MQ=255) gCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCa < 6:101086/135‑1 (MQ=255) aCCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCa > 8:213596/1‑136 (MQ=255) cGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa > 7:445644/1‑95 (MQ=255) cGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 8:445644/95‑1 (MQ=255) gggCGGGGGTCGGGGGCCGCCACCGGCGCGGGCAGCCGGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcg < 1:407928/135‑1 (MQ=255) gggCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcg < 6:195490/135‑1 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtcg > 7:2709/1‑134 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtcg > 7:11011/1‑134 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtc > 1:376263/1‑133 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtc > 1:343211/1‑133 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGACGGTGCGGTCCATGCTCGGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCCCCAGCAcgtc > 6:248022/1‑133 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGACCGGCCGAACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCCCCAGCAcgtc > 4:60104/1‑133 (MQ=255) | ACATGGCGGCGTGGTCCATACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCG > KT2440/2503593‑2503849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |