| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 2,663,239 | C→G | 6.7% | S717S (TCG→TCC) | acnB ← | Aconitate hydratase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 2,663,239 | 0 | C | G | 6.7% | 203.4 / 5.4 | 60 | S717S (TCG→TCC) | acnB | Aconitate hydratase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/35); new base G (2/2); total (23/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
TAGTAGCCTTCTTCGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCGATGATTTCGGCGTATTC > KT2440/2663105‑2663373 | tagtagCCTTCTTCGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAc < 1:303650/135‑1 (MQ=255) agtagCCTTCTTCGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAc > 4:152576/1‑134 (MQ=255) agtagCCTTCTTCGGTCAGCTGGTGAGCGTCAATCTTGGTTGGCGGAGACAGCAACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCAAGAAGATTGCCGGCAGCGCGTAAGTGACCGATTTTGTTCCTGCAc > 1:315044/1‑134 (MQ=255) ttcttcTGTCAGATGGGTCTCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCATCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGAt < 2:315044/135‑1 (MQ=255) ttcttcGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGAt < 6:210338/135‑1 (MQ=255) ttcGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGaa > 4:106103/1‑135 (MQ=255) ttcGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGaa > 1:406172/1‑135 (MQ=255) cGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAaca < 7:347065/135‑1 (MQ=255) tCAGCTGGTGAGCGTCCAGCTTGGGTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACtt < 6:267476/135‑1 (MQ=255) gTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc < 8:223191/136‑1 (MQ=255) tGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc < 4:211829/135‑1 (MQ=255) tGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc < 3:184368/135‑1 (MQ=255) gTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTtctc < 1:131557/135‑1 (MQ=255) aTCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGACCCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCtt > 8:201225/1‑136 (MQ=255) aTCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCt > 6:402127/1‑135 (MQ=255) tacgggttggCGGTGCCACCCACAGGCGGGTCGGCAACTGACCTTTATGCGCATCCAGCAGTTTACCCGCAGCACGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAGGAACCGATAAACACTTCGTCGATCTTCTCAccct < 3:279198/131‑3 (MQ=255) ttggttggCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGACACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGAGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGAACGAAACGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTgg > 5:213863/1‑134 (MQ=255) ttggCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTAcc < 3:381080/134‑1 (MQ=255) ttggCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTAcc < 4:409448/134‑1 (MQ=255) ggCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAg < 8:442545/135‑1 (MQ=255) cGGAGCCAGCCACAGACGGTTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCCCGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGa < 6:241424/135‑1 (MQ=255) agccagccACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGCCCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGAcag > 1:374510/1‑135 (MQ=255) gccaCAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGGCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCg < 7:155578/136‑1 (MQ=255) ccaCAGACGGGTCGGAATGCCTCCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGGCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCg < 1:178464/135‑1 (MQ=255) ccaCAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCg < 3:152576/135‑1 (MQ=255) ggAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGt > 8:266764/1‑136 (MQ=255) gAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGt > 6:322195/1‑135 (MQ=255) tGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGt < 1:162681/135‑1 (MQ=255) cACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTc < 2:39600/134‑1 (MQ=255) cACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTc < 5:402127/134‑1 (MQ=255) cccTGGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCTAGGACAGCAGGCGGGCAGCGTCCGGGTCGTTCGgcg < 8:185230/136‑1 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCGAGCAGCTTGCCGTCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAAcc < 3:389406/64‑1 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGCACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTAGgcgc > 8:433907/1‑136 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc > 6:310708/1‑83 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc < 5:310708/83‑1 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGgcgc < 7:202981/136‑1 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGgcgc < 7:326831/136‑1 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCATGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGgcgc > 8:201950/1‑136 (MQ=255) ccTTGACCTTCTCAAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAAcc > 4:389406/1‑64 (MQ=255) cTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGgcgc < 6:389873/135‑1 (MQ=255) ccTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCaga < 5:430633/135‑1 (MQ=255) cTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCagag < 6:8549/135‑1 (MQ=255) ctcCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCAGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGca > 8:296850/1‑134 (MQ=255) ccAGCAGCTTGCC‑GCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc > 4:66444/1‑70 (MQ=255) ccAGCAGCTTGCC‑GCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGAtc < 3:66444/70‑1 (MQ=255) cagcagTTTACCCGCAGCACGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAGGAACCGATAAACACTTCGTCGAtc > 2:220461/1‑70 (MQ=255) cagcagTTTACCCGCAGCACGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAGGAACCGATAAACACTTCGTCGAtc < 1:220461/70‑1 (MQ=255) cagcagTTTACCCGCAGCACGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCAGGAACCGATAAACACTTCGTCGATCTTCTCACCCTGTACCGCAGACAGCGGACGCGCGTCATCCGGGTCGTTCGGAGCACacaggattgg > 3:306128/1‑129 (MQ=255) ttGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTg < 6:334929/135‑1 (MQ=255) gCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGGCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGAc > 2:430371/1‑135 (MQ=255) cGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTtcg > 5:251347/1‑53 (MQ=255) cGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTtcg < 6:251347/53‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGAAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGt > 6:225780/1‑135 (MQ=255) ggCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTc < 2:374510/135‑1 (MQ=255) cgGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAgg < 2:406172/135‑1 (MQ=255) gACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGAttt < 5:225780/135‑1 (MQ=255) aCCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTc > 2:348590/1‑135 (MQ=255) gATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGa < 3:49123/60‑1 (MQ=255) gATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGa > 4:49123/1‑60 (MQ=255) gATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCga > 4:420034/1‑134 (MQ=255) gATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGCGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCga > 1:268349/1‑134 (MQ=255) ttGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCATGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCGATGAtt < 7:201950/135‑1 (MQ=255) cATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCTTCGTCCGGGGCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTACTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCGATGATTTCgtc < 3:258501/135‑3 (MQ=255) cGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCGATGATTTCGGCGTATTc > 6:188351/1‑135 (MQ=255) | TAGTAGCCTTCTTCGGTCAGCTGGTGAGCGTCCATCTTGGTTGGCGGAGCCAGCCACAGACGGGTCGGAATGCCACCCTTGACCTTCTCCAGCAGCTTGCCGGCAGCGCGGAAGTGACCGATGTTGGTCATGCACGAACCGATGAACACTTCGTCGATCTTCTCGCCTTGTACCGAGGACAGCAGGCGGGCATCGTCCGGGTCGTTCGGCGCGCAGAGCACAGGCTCCTTGACGTCGGCCAGGTCGATTTCGATGATTTCGGCGTATTC > KT2440/2663105‑2663373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |