| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,267,810 | T→G | 34.3% | L171V (TTG→GTG) | eamA → | putative amino‑acid metabolite efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,267,810 | 0 | T | G | 34.3% | 37.5 / 5.5 | 30 | L171V (TTG→GTG) | eamA | putative amino‑acid metabolite efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/17); new base G (9/2); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGATCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCC > KT2440/3267682‑3267930 | cACTGATCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGt < 6:411475/133‑1 (MQ=255) ggCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGCCCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGGGGGGATCGGGGGt > 6:314539/1‑135 (MQ=255) cGAAGCCGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCGGACCCTGTGGGGCGGGGCGATGGGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCt < 6:42724/135‑1 (MQ=255) aCGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGGGGCGGTGCGATGTGGGGCCGGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATAc < 4:112651/135‑1 (MQ=255) ccATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACt < 6:156090/135‑1 (MQ=255) ccATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACt < 4:91710/135‑1 (MQ=255) cATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTg < 7:241639/136‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTg < 5:351906/135‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGGTGGTGCTGACCCTGGGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTg < 6:417672/135‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTGCTGACCCTGGGGGGCGGTGCGAGGGGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACt < 8:394978/136‑1 (MQ=255) gTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGT‑GGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGCCCTGGTCGCGGTGGTGGTCTGGGGGGGGCGGATACCGCCCCTTGCAGTCCGGGGCCGGTCCt > 7:267447/1‑136 (MQ=255) gTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCtgg < 5:59045/135‑1 (MQ=255) tgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTTGTGATATGGGGTGGGCTGTTACCGCCACATACAATCCTGGCACGGGCCTGGTGGGTGGAACGccc > 3:115282/1‑135 (MQ=255) tgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTg > 1:100956/1‑78 (MQ=255) tgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTg < 2:100956/78‑1 (MQ=255) tgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGGTCTGGGGGGGGCTGATACCGCCCCTTCCCATCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGccc > 3:77034/1‑135 (MQ=255) tgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGGGATCGGGGGTGGGCTGATGCCGCCCCTTCCAGTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGccc > 6:186978/1‑135 (MQ=255) ggggCGAGGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCGCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGATCTGGGGTGGTCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAgc < 8:375060/133‑1 (MQ=255) ggTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAgc < 7:151121/136‑1 (MQ=255) gTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGtt > 3:400369/1‑64 (MQ=255) gTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGtt < 4:400369/64‑1 (MQ=255) gATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCCCCACGTCCATTGATGGCACAGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGCCCGCAtt > 7:315960/1‑136 (MQ=255) cTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGGTGTTGGGTGGGGGGTTACCGCCCCATTCATTCCTGGCACTGTCCGGGTGGCTGGGAGGCCCCCAGCCCATTTGcccagcc > 6:386394/1‑130 (MQ=255) cTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGGTCTGGGGGGGGGTGATTCCGCCCCTTCCCTTGCTGGCCCTGTGCAGGTGGGTGGAAGGCCCCGCGCGCCTTTGCCATGcc > 6:303812/1‑135 (MQ=255) gCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCtt < 3:217888/133‑1 (MQ=255) cGACGGTTCGGCGCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCTCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa < 7:86531/136‑1 (MQ=255) gACGGTTCGGCTCGGGCGACCTGGTCGCGGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa < 1:215237/135‑1 (MQ=255) ggTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGGTGTGGGGTGGGCTGATACCGCCCCTTACATTCCTGGCACTGTCCTGGTGTGTGGAAGGCCCCCCGCGCAATTGCCATGCCTTGGCCAATATCAGGTGGAGttg > 8:295484/1‑135 (MQ=255) ggTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGGGATCTGGGGGGGGGTGATACCGCCACGTACAATACAGGCACTGTCCTGGTGGCGGGCAGGCCCCCACCGCAATAGCCATTCCTAGGGCAATAAAAGATGGAggt > 2:111917/1‑133 (MQ=255) tCGACGTGGTCGCGTTGGTGTGCTGGGGTGTGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGAGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 1:111917/135‑1 (MQ=255) tCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 5:386394/135‑1 (MQ=255) tCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 4:77034/135‑1 (MQ=255) | CACTGATCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCC > KT2440/3267682‑3267930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |