| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,312,451 | A→C | 37.6% | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 ← | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,312,451 | 0 | A | C | 37.6% | 18.3 / 3.1 | 35 | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/11); new base C (4/10); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCAGTAGC > KT2440/3312325‑3312583 | tcatGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACg < 7:39952/136‑1 (MQ=255) atGGATGTAATTCCGCTCCGCCTGCAGCGCCGGGCTGAATGCCGGTTCCCGGTGCCAGGCCACCCCCACCCTCATCGGCGTGACCGGGGCGCTGATGGTCACCGGCGCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGCCCACGGc < 7:430586/136‑1 (MQ=255) atGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTACCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCAACGACTCGAAGCCCATGCCCTCCACCGACCACgg > 3:122540/1‑135 (MQ=255) tAATTGCGCACCGCCGGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGGCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGc < 5:386208/135‑1 (MQ=255) 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ggTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCAt > 8:345945/1‑136 (MQ=255) aaCCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGCTGGTCACCGGCTGGGGGCGCTTGCCCGCCCGCGCCCCCGGCCGGTGCACCAGGGCCGCCAGGGTCGCCCCTCCCCGGCCCTTGGCGACCCTGCTGCGCCCg > 1:148118/1‑135 (MQ=255) ccACGCTCATCGGGGTTACCGGGTCGCTGATGGTCACGGTCGCGAGGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCt < 1:39526/135‑1 (MQ=255) ccACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCCCTCCGCTGCCATTGGCGCCCATGCTGCGCACGGCCt > 3:184422/1‑135 (MQ=255) ggCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCCCCGGCTCGATGCGCGTGCCCTCCCGCGCCCCCGGCCGGTGCCCCCGGGCCGCCCGGATCGCCCCGCCGCTGCCCTTGGCGACCATGCTGCGCCCGGCCGCCCCCGCGCTg > 6:108438/1‑135 (MQ=255) cgggcccGGGTCGCTGATGGCCACCGGCGCGATGCGCGGGCCCGCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:251735/130‑1 (MQ=255) 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cccTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCa < 4:189602/134‑1 (MQ=255) aGCTACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTACACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCAGTAgc < 2:122280/133‑1 (MQ=255) aGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCAGTAgc < 1:150784/133‑1 (MQ=255) | TCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCAGTAGC > KT2440/3312325‑3312583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |