| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 2,578,050 | 0 | A | C | 36.1% | 41.9 / 10.3 | 36 | S168A (TCC→GCC) | folD_2 | Bifunctional protein FolD protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/3); new base C (0/13); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGA > KT2440/2577914‑2578184 | ggCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGCCGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGa > 5:155506/1‑137 (MQ=255) gACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACcg > 2:175061/1‑137 (MQ=255) cgggccGGCCCGCCGGAGGTGGCGGGACTGGTCGTTGTTGACGCGGGGCCTGAGGGTCAGGGGCCAGCCGGCCTGCTGCTGTACCATGCCC‑AGGGGGCGC‑CAAACTT‑TGTGGCCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCa < 8:337394/132‑1 (MQ=255) ggTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATg > 7:215240/1‑137 (MQ=255) cGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCg > 7:466929/1‑137 (MQ=255) ggggggggccGGGTCGTTGGTTAGGGGGGGGCCGCCGGTCCGGGGGCCGCGGCCCCGCAGCAGTCCCAGGCCC‑CGGGGGGGG‑CCAACTT‑TTTGGGCGGCCCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGc < 8:441902/131‑1 (MQ=255) tGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGcc > 7:210046/1‑137 (MQ=255) ggcgggccTGGGCGTTGGTGCAGCGGGGGCCGCCGGCCCGGGGGCCCCCGCCCAGCAGCTG‑TCCATTGCCAAGCGGGCGG‑CCAACGA‑GGTGGCAGGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCg < 8:466929/137‑1 (MQ=255) ggccAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGc > 7:135240/1‑137 (MQ=255) ggTCCTTGGTCCCGCGGGGGCACACGGCCAGGGGGCCGCCGCCCTGCAGCAGTCCAATGCCC‑CTGGGGCGG‑CCAACGT‑TGTGGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTcc < 7:353857/137‑1 (MQ=255) ttGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCcagcag > 2:217166/1‑137 (MQ=255) gAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCa > 5:198444/1‑137 (MQ=255) cGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCatgat > 8:393820/1‑137 (MQ=255) tGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGcc > 6:276701/1‑137 (MQ=255) ccatcgggTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCTGTTCCTTGGCC‑ATGGGGCGG‑CCAACGT‑TGGTGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCtt < 5:332935/131‑1 (MQ=255) ggggccAGCCGGCCCGCAGCAGTCCCATGGCC‑‑TGGGGCGGCCCAACTA‑TGTGGCCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCAc < 4:374169/132‑1 (MQ=255) gggccgCCGGCCCGCCCAAGTCCCAGGCCC‑AGCGGGCGC‑CCAACTT‑GGGGGGACGCCCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACgg < 1:359282/132‑1 (MQ=255) ccgcgggCCAGCAGCTGTTCCAGGGCC‑TGCGGGCGG‑CCAAGGT‑TGTTGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGgcg < 6:499310/132‑1 (MQ=255) gccgccCTGCACCAGTTCCTGGGCA‑AGCGGGCGC‑CAAAGTA‑TGTTGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCgca < 5:169054/137‑1 (MQ=255) gCCGGCCAGCACCAGTCCCATGCCC‑AGGGGGCGG‑CCAACGA‑TGTGGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCgca < 5:446913/137‑1 (MQ=255) gCCGGCCACCCGCTGTCCCCGGGCC‑CGGGGGGGG‑CCACCGT‑TGTGGGCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCgca < 3:351965/137‑1 (MQ=255) cccGCCCAGCCGCAGTCCAATGCCC‑TGCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGCCCGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCgca 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> 5:402870/1‑137 (MQ=255) cc‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAgg > 6:206199/1‑137 (MQ=255) cc‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAgg > 3:52500/1‑137 (MQ=255) cc‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAgg > 2:162249/1‑137 (MQ=255) atgcGGGCGG‑CAAACGT‑TGTGGCCCGCCCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAggc < 1:32573/134‑1 (MQ=255) gcgg‑cCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGa > 5:134808/1‑137 (MQ=255) taCGA‑TGATGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTACCAGCAGCGTCATGATGCGATTCCGTGTCCACGGGCGCAGCAGTGTAATACGCTGGGCCAGACGCCCGAtgatct > 2:371557/2‑133 (MQ=255) a‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTAATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACgg > 6:315034/1‑137 (MQ=255) gggACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTgg < 1:66058/136‑1 (MQ=255) ggACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGa > 7:265873/1‑137 (MQ=255) | GGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCACGGTGCAGCCGGCCAGCAGCAGTTCCATGGCC‑ATCGGGCGG‑CCAACGA‑TGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGA > KT2440/2577914‑2578184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |