| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,686,797 | Δ1 bp | 7.0% | coding (2428/2502 nt) | ligD ← | Multifunctional non‑homologous end joiningprotein LigD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,686,797 | 0 | C | . | 7.0% | 180.1 / 7.7 | 57 | coding (2428/2502 nt) | ligD | Multifunctional non‑homologous end joiningprotein LigD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/39); new base . (2/2); total (16/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
CCTGAACGATGCTCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAGGC > KT2440/3686667‑3686926 | ccTGAACGATGCTCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCATGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCTCATGAGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGtcgtcg < 7:298689/135‑1 (MQ=255) aCGATGCTCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTGCAATCGCAGGGGGATCATCATTAGAGCCCAAGCTGCTTTCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGGCCCAGTGGGGCCCACGGGCGTCGcccac > 4:249755/1‑133 (MQ=255) gATGCTCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCg < 7:218776/135‑1 (MQ=255) tCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTGCCATCGCAGGGGGCTCAGCATTCGCGCCCGAGCTGCGTTGGCCTGCGCGCGGGGCTCGCCGGGCGGGCCGGTGCCC‑TGTCGGCCCCAGGGGCGTGGGCCCCCGccc > 6:392603/1‑132 (MQ=255) tCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAg < 6:101115/134‑1 (MQ=255) tCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGGGCCATCGCAGGGGCGTCATCATTAGAGCCCCAGCGGCTTGCGCCTGCGCGCGGGGTTGGGAGGGCGTGCCTTTGCCCA‑GTCGGCCCCAGCGTCGTGGCCCgccgcccgc > 2:155456/1‑132 (MQ=255) gCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTc < 5:2110/134‑1 (MQ=255) gCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTc < 3:52920/134‑1 (MQ=255) gCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTc < 2:311455/134‑1 (MQ=255) cGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGt < 6:74259/135‑1 (MQ=255) ggCTCGCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCa < 7:144961/135‑1 (MQ=255) ggCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCa < 1:372659/135‑1 (MQ=255) tCCCGGGTCGTGGCCTATCGCAGGTGCATAATCATTCGAGCGGTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTAGC‑TTGCACATGGCGGCCCAAGGGTCGTCGAGCGCCGGAAGATGCTCGTGCAGGt < 5:53276/135‑1 (MQ=255) ccGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTg < 6:314419/135‑1 (MQ=255) ccGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTg < 6:161060/135‑1 (MQ=255) ccGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTg < 6:233702/135‑1 (MQ=255) tttCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGGGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCGCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGTCCTCCGCCAGATGCTCGTGCTGGTTGGTGATGtt < 2:181520/133‑1 (MQ=255) tgtCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGTATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGtt < 2:365726/135‑1 (MQ=255) cGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCAttggt < 3:249755/135‑1 (MQ=255) cGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCAttggt < 3:61244/135‑1 (MQ=255) cGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGGACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCAttggt < 8:336768/135‑1 (MQ=255) cAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGCTCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGGCCAATGGTCGTCGCCCGGCGGCAGCTGGGACTGGAGGGTGGGTAGGTTCCAttggttg > 1:290983/1‑135 (MQ=255) ggCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGCCCTCCGCCACATGCTCGTGCAGGTTGGTGGTGTTGCATTGGTTggcgg > 1:228015/1‑135 (MQ=255) cTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGtt < 2:320723/135‑1 (MQ=255) tAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCa < 2:103507/89‑1 (MQ=255) tAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCa > 1:103507/1‑89 (MQ=255) gctgctTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGG‑‑‑GTCGACCTCCGCCAGATGCTc < 7:280122/79‑1 (MQ=255) gctgctTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGG‑‑‑GTCGACCTCCGCCAGATGCTc > 8:280119/1‑79 (MQ=255) gctgctTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGG‑‑‑GTCGACCTCCGCCAGATGCTc > 8:280122/1‑79 (MQ=255) gctgctTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGG‑‑‑GTCGACCTCCGCCAGATGCTc < 7:280119/79‑1 (MQ=255) tgctTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCa < 7:373115/135‑1 (MQ=255) ttGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACg < 3:215784/134‑1 (MQ=255) tGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGcc < 5:240935/135‑1 (MQ=255) gcgcATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCACGGGTCGTCGCCCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGCTGTTGCATTGGTTGGCGGGCGTGATTTTCGCCAGTTCCGCACGCCa > 5:54436/1‑135 (MQ=255) gcgcATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACg > 5:175984/1‑132 (MQ=255) gcgcATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCGCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCa > 4:331561/1‑135 (MQ=255) cgcATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAg < 4:186666/135‑1 (MQ=255) gcATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAg < 1:4844/134‑1 (MQ=255) cATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGAt < 1:31953/135‑1 (MQ=255) gATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGGCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTGGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATAc < 5:266862/135‑1 (MQ=255) cGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGCCCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCg > 8:300464/1‑135 (MQ=255) ttGCCCATGTCGGCCCAAGGGGCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGGTGGCGGCCTAGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACgg < 7:335088/135‑1 (MQ=255) gCCCATGTCGGCCCAAGGGGCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGGTCCATTGGGTGGCGGCCTGGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGc < 5:102987/135‑1 (MQ=255) cccATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGc < 3:226300/134‑1 (MQ=255) ccATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTc < 1:183616/135‑1 (MQ=255) ccATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTc < 5:385426/135‑1 (MQ=255) cATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTc < 5:392603/134‑1 (MQ=255) cATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCGCCGCCAGAGGCGCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCg < 7:264168/135‑1 (MQ=255) aTGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTGCTCACGCCAGATTGGTTCCGATACTGGCAGCCCGTCCCGGGCTc > 8:305494/1‑133 (MQ=255) aTGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTc > 3:187867/1‑133 (MQ=255) cGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGt < 6:329830/134‑1 (MQ=255) cGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTg < 6:175984/135‑1 (MQ=255) cAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTGCCATTGGTGGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAg < 8:377435/135‑1 (MQ=255) aaGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTGCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATa > 7:190767/1‑133 (MQ=255) aaGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAgg > 2:27856/1‑135 (MQ=255) caggTCGTCGACCGCCGCCATATGCTCGGGCAGGTTGGGTATGTGCCATTGTTTGGCGGCTTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTTAATAGgc < 8:141731/133‑1 (MQ=255) aGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCTGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGGGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAGgc < 5:246814/135‑1 (MQ=255) aGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAGgc < 3:327312/135‑1 (MQ=255) | CCTGAACGATGCTCATGGGCGTGGCTCCCGGGTCGTGTCCAATCGCAGGGGCATCATCATTCGAGCCCTAGCTGCTTGCGCATGCGCGCGGTGATCGACTGGCGTACC‑TTGCCCATGTCGGCCCAAGGGTCGTCGACCTCCGCCAGATGCTCGTGCAGGTTGGTGATGTTCCATTGGTTGGCGGCCTTGATTTGCGCCAGTTCCTCACGCCAGATAGGTACCGATACTGGCAGCCCGTCACGGGCTCGCAGTGAATAGGC > KT2440/3686667‑3686926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |