Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | KT2440 | 3,775,251 | A→C | 19.7% | D44A (GAC→GCC) | nikC → | Nickel transport system permease protein NikC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | KT2440 | 3,775,251 | 0 | A | C | 19.7% | 75.6 / 4.9 | 61 | D44A (GAC→GCC) | nikC | Nickel transport system permease protein NikC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/18); new base C (9/5); total (38/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTGAC > KT2440/3775121‑3775383 | aTGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTg > 5:364598/1‑135 (MQ=255) aTGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTg > 2:352139/1‑135 (MQ=255) aGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTc > 6:209658/1‑135 (MQ=255) gtgtGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGCCCCCGCCCTGGTCg > 3:207139/1‑135 (MQ=255) gtgtGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTCg > 2:67693/1‑135 (MQ=255) gtgtGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCg > 3:368872/1‑135 (MQ=255) tgtgCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGAGCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGa < 5:216814/135‑1 (MQ=255) tgCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGAcc > 7:206154/1‑135 (MQ=255) aCGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCg > 7:108996/1‑135 (MQ=255) aCGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCg > 3:126041/1‑135 (MQ=255) aCGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCAAGACCCCCACCTGGTCGCCCACg > 5:225239/1‑135 (MQ=255) cccTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAgc > 8:126068/1‑135 (MQ=255) ccTGCGTCAGCGATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCCCTGCATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTCGCCCTCGGCCAgcg > 6:374982/1‑135 (MQ=255) ccTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGCCCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCcgcg > 8:158371/1‑135 (MQ=255) ccTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGCCCTCGGCCAgcg > 8:162931/1‑135 (MQ=255) ccTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAgcg > 1:122431/1‑135 (MQ=255) cTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGCCCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAgcg > 7:135368/1‑134 (MQ=255) cTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAgcgc > 2:219306/1‑135 (MQ=255) cAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGCCCCCGCCCTGGTCGACCTCGGCCCGCGCCTGCAg > 6:246129/1‑135 (MQ=255) cAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAg > 1:68018/1‑135 (MQ=255) aTTGCTTCTGCGCCTCCCCAGCCTGATGATAGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGAGGTGATGTCGCTGTTCGGCCAATGGATAGCCCCGCATGACCCCTACATGGTCGACCTCGTCCCGCGCCTGCCGgcgc > 4:247889/1‑134 (MQ=255) gtgcggcGCCGCCCCCGCCTGATGAGGGGCGTGGCCGTGGGCGGCGTGCGGGGGGTGGGGGGGGTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCTTGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCGTGCTGGCGCCAGa < 6:60466/133‑1 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCCCTGGATCGCCCCGCCTGCCCCCGCCCGGGTCGCCCTCGGCCCGCGCCTGCAGGCGcccgccg > 5:60466/1‑130 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTCGCCCTCGGCCCGCGCCTGCAGGCGcccgccg > 2:87426/1‑130 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCACCGCCGGCACGCGCCAGACg > 5:355633/1‑135 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCGGGTCGACCTCGGCCCGCGCCTGCCGGCGCCAGACg > 6:217343/1‑135 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCGGTTCGGCCACAGGATCGCCCCGCATGACCCCCCCCTGGTCGACCGCGGCCCGCCCCGGCAGGCGccccccc > 5:16858/1‑130 (MQ=255) ctgcGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTCGCCCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAgccgcc > 6:356381/1‑135 (MQ=255) cgccgcCCCCGCCGGATGAGCGGCCTGGCCGTGGGCGGCCTGCGGGCGGGGCGGGCGCTGTCCGGCCACTGCACCGCCCCGCATGCCCCCGCCCTGGGCGACCTCGGCCCGCGCGGGCAGGCGCCAGACGCCCGt < 6:328453/135‑1 (MQ=255) cgccgcCCCAGCCTGAGGAGCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGCCCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGt < 3:186576/135‑1 (MQ=255) gccCCAGCCTGATGCTCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGCCCCCGACCTGGTCGCCCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCAct < 5:192128/135‑1 (MQ=255) ccccCGCGTGATGATCGGCGTGGCCCTGGTCGGCGTGCGGGCGGGGCTGGGGCTGTGCGCCGACTGGAGCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACGTCGGCCCGGGCCTGCTGGGGCCTGACGCCCGTCActg < 6:225239/135‑1 (MQ=255) ccccAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCCTGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGCCGCCCGTCActg > 8:11268/1‑135 (MQ=255) ccccAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGGCCTCGGCCAGCGCCTGCCGGCGCCAGACGCCCGTCActg > 5:98840/1‑135 (MQ=255) ccccAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGGCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCActg < 6:364598/135‑1 (MQ=255) ccccAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCGGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGGCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCActg < 8:269674/135‑1 (MQ=255) gCCTGATGATCGGCCTGGCCGGGGGCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGGTCGGCCACTGGACCGCCCCGCATCACCCCGACGGGGGCTACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCActggctgg < 1:278192/135‑1 (MQ=255) gCCTGATGATCGGCCGGGCCCGGGTCGGCGTGCGGGCGGGGCGGGCGCTGTGCGGCCACTGGCGCCCCCCGCAGCCCCCCCACCTGGGCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCActggctgg < 5:22733/135‑1 (MQ=255) tgagCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCGGCTGGCGGGGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGcaca < 2:16780/134‑1 (MQ=255) atCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCACGCGCCAGACGCCCGTCCCTGGCTGGGCACAGac > 6:38299/1‑135 (MQ=255) ccTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACGGGCTGGGCACAGACCACCt > 7:322908/1‑135 (MQ=255) ggCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGCCCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCGCAGACCACCTCGGGCGCGGCCTg > 7:170198/1‑135 (MQ=255) ggCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCCCCTCGGGCGCGACCTg > 7:365675/1‑135 (MQ=255) tgctgGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCttt > 4:200539/1‑135 (MQ=255) tgctgGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCgtt > 4:75107/1‑135 (MQ=255) cTGGCGCTGTTCGGCCACTGGCTCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGCCCTCGGCCAGCGCCTGCCGGCCCCAGACGCACGTCACTGGCTGGGCACAGACCCCCGCGGGCGCGACCTGCATGCGCGGTTGAtc > 4:64650/1‑135 (MQ=255) cgcgGTGCGGCCACTGGAGCGCCCCGAATGCCCCCGCCCTGGGCGACCCCGGCCCGCGCCTGCCGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGAtcgtcg < 4:211405/135‑1 (MQ=255) gcgcccACTGCATCGCCCCGCATGCCCCCCACCTGGTCGACCGCGGCCAGCGCCGGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCAcgc < 3:8213/131‑1 (MQ=255) gcGGCCACTGGAGCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCCGCGCCGGACGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCAcgc < 4:347728/134‑1 (MQ=255) gcGGCCACTGGAGCGCCCCGCAGGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCGTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCAcgc < 2:283780/134‑1 (MQ=255) gcGGCCACTGGACCGCCCCGCTTGACCCCGACCTGGTCGACCGCGGCCAGCGCCTGCGGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCAcgc < 5:289448/134‑1 (MQ=255) cGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGCCGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCCCCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCAcgcg > 6:63697/1‑135 (MQ=255) tagcGCCCCGCATGACCCCGACTGGGACGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGAGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCtt < 8:211548/132‑1 (MQ=255) gagcGCCCCGCCTGACCCCGACCGGGTCGACCGCGGCCCGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCGGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCtt < 1:132272/132‑1 (MQ=255) gATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCtt < 8:108996/135‑1 (MQ=255) aTCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGGTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTg > 3:71140/1‑135 (MQ=255) ccccGCCTGCCCCCGCCCGGGCCGACCGCGGCCAGCGCCGGCAGCCGCCACACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCa < 5:54929/135‑1 (MQ=255) cccGCCCTGGGCGCCCTCCGCCCGCGCCGGCCGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTg < 1:347246/135‑1 (MQ=255) cGACGTGGTGGACATCGGCCTGCGCCGGCCGGCGCCTGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGGGTTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTGAc < 3:249918/135‑1 (MQ=255) cGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTGAc > 5:196276/1‑135 (MQ=255) cGACCTGGGCGACCTCGGCCCGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTGAc < 1:219306/135‑1 (MQ=255) | ATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCCGCCCCAGCCTGATGATCGGCCTGGCCCTGGTCGGCCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTGTTCGGCCACTGGATCGCCCCGCATGACCCCGACCTGGTCGACCTCGGCCAGCGCCTGCAGGCGCCAGACGCCCGTCACTGGCTGGGCACAGACCACCTCGGGCGCGACCTGCTTTCGCGGTTGATCGTCGGCACGCGCCTGTCCTTGGGCAGCGTGATGCTGAC > KT2440/3775121‑3775383 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |