Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | KT2440 | 4,291,840 | 0 | T | G | 42.4% | 15.6 / 10.7 | 33 | intergenic (‑142/‑20) | sdhL/CJ019_04025 | Shikimate dehydrogenase‑like protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/14); new base G (12/2); total (17/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTGGTCATGACTGAAACGTTTATTCAGCGTAACAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGTGGTTGGTATGGGCCGG > KT2440/4291709‑4291974 | ttGGTCATGACTGAAACGTTTATTCAGCGTAACAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGtttt > 2:6635/1‑135 (MQ=255) ttATTCAGCGTAACAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATg < 1:62493/135‑1 (MQ=255) aTTCAGCGTAACAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCTGACGTGGGGTGTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGaa > 7:186051/1‑135 (MQ=255) aaCAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCAt < 7:108625/135‑1 (MQ=255) aaCAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTGC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCAt > 7:73278/1‑135 (MQ=255) aaCAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTCC‑TGGGAGGGTGTTTTATGAACCGtggca > 7:204912/1‑130 (MQ=255) agagTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTcc < 8:128254/135‑1 (MQ=255) ccACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTGC‑TGGGTGGGTGTTTTTTGTTACGG‑CGCATTGCCGGAGTCg > 5:1231/1‑135 (MQ=255) ttACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTGC‑TGCGAGGTTGTTTTTTGAACCGT‑CTCATTGCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGt > 7:21526/1‑135 (MQ=255) cacaACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTGC‑TTCGAGGTGTTTTTTTTAAACGTGTTAATCCCCGGATACGGCGTGGTGGTGGGTGc > 1:28135/1‑135 (MQ=255) ttACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTAC‑TGCGCGGTTGTTTTATTTACCGT‑CGCCTTCACCGCCTCGGCCGGCTGGTCGGTGGCCGGGGCag > 8:86534/1‑134 (MQ=255) aCCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATc < 7:154477/134‑1 (MQ=255) ccGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTGTGC‑TGGGAGGGTGGTTTTTGAACCGG‑CTCCGTCCCCGGATCGTACTGCAGGGCGCTTCCCAGGCCacccg > 2:80168/1‑131 (MQ=255) cTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTTC‑GGCGAGGTTGTTTTATTAACCGT‑CTCATTCCCGGAATAGTCCTGCTGGTCGGTGCCCAGGCCCTCAGCGGGCCTg > 4:105975/1‑135 (MQ=255) cTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTGC‑TGCGAGGTTGTTTTTTTAACCGT‑CTCATTCCCGGCATCGTGCTGCGGGTCGGTGGCCGGGCCCTCAGCGGGccgg > 3:134370/1‑133 (MQ=255) ggCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTAC‑TGCGAGGTTGTTTTATTAACACT‑CTCATTAACCGAAACGTACTGCTGGTAGGTGACCACTCCATCAGAGGGCCTGCAACACCGCACcgccgc > 4:24454/1‑134 (MQ=255) ggCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGGGTTCC‑TGGGAGGGTGTTTTATTGACCGG‑CGACTTGCCGGCATGGTCCTGCTGGTCGGTGCCCGGGGCCTCCGCGGGGCTGCAGCAGCGGCcggcgg > 3:74844/1‑133 (MQ=255) gAGTCATAGTAACTGGGCCCCGGACGTGGGGGTTTGC‑TGCGAGGTTGTTTTTTTAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTGCTGCTGGTCGGTGCCCGGGCCCTCAGCCGGCCGGCCGCAGCGCCCGGCGGCGATggc > 1:115080/1‑135 (MQ=255) aGTCATAGTAACAGGGCCCCGGAGTTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTTGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGTCTATggcg < 7:160091/135‑1 (MQ=255) gTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGGGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATggcgg < 8:204912/135‑1 (MQ=255) tCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTGC‑TGCGAGGTTGTTTTATTAACCGT‑CTCATTCCCGGAATAGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCCCCCGGCGGCTATggcggc > 3:95029/1‑135 (MQ=255) tAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATggg < 5:9389/135‑1 (MQ=255) aaCAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGc < 5:51922/135‑1 (MQ=255) accggggCCCGGGCGGGGGGGTTTCCGTGGTTGGTGGTTTAATCACCCGC‑CCCATACCCGGAATCGTCCTGCTGGGCGGGGCCCTGGCCAGCCGCGGGCCGGCAGCACCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGc < 1:80168/132‑1 (MQ=255) gggCCCCGGACGTGGGGTTTTGC‑TGCGAGGGTGGTTTTTGAAACGT‑CTCATTCCCGGAATAGGCCTGCGGGTCGGGGCCCAGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCGATTGCGGGCATGGGccttg > 2:26898/1‑131 (MQ=255) gggCCCCGGACGTGGGGGGTTGG‑GGGGCGGGTGTTTTTTTTACCGT‑GTCATTCCCGGAATCGTCCTGCGGGTCGGTGCCCTGGCCCTCAGCGGGGCGGCCGCCGCGCCCCGCGGCGTTGGCGGCCCTGGGccggg > 6:83957/1‑131 (MQ=255) ggCCCCGGACGTGGGGGTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCAtggt < 3:111420/135‑1 (MQ=255) ctgACGTTGGGGTTTAA‑TGCGAGTTTGTTTTATTAACCGT‑ATCATTAAAGGAATAGTCCTGCTTGTCGTTGGAAATGCCATCAGCTTGCCAGACACAGCGCACCGCGGCGATGGCGGCCATGGGCAtggtgggtt > 8:33250/3‑132 (MQ=255) cGGAGGTGGGGTTTTCG‑TGAGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCTTTCCCGGATTCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCTTGGGCATGGtggttg < 5:33451/135‑1 (MQ=255) cGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGtggttg < 7:36675/135‑1 (MQ=255) cGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGtggttg < 1:88832/135‑1 (MQ=255) cGGACGTGGGGTGTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCTGAATAGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGtggttg < 7:33250/135‑1 (MQ=255) gTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGTGGTTGGTATGGGCCg < 3:95542/135‑1 (MQ=255) gTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGTGGTTGGTATGGGCCg < 8:186051/135‑1 (MQ=255) ttttCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGGCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGTGGTTGGTATGGGCCgg < 2:86464/135‑1 (MQ=255) | TTGGTCATGACTGAAACGTTTATTCAGCGTAACAGAGTCAGCCACTGGTCGTCCCTTACACAACCTTTACCGTTCCCCTGTGCTCAGCTGACAGAGGCCGGAGTCATAGTAACAGGGCCCCGGACGTGGGGTTTTCC‑TGCGAGGTTGTTTTATGAACCGT‑CTCATTCCCGGAATCGTCCTGCTGGTCGGTGCCCTGGCCATCAGCGGGCCTGCAGCAGCGCACGGCGGCTATGGCGGCCATGGGCATGGTGGTTGGTATGGGCCGG > KT2440/4291709‑4291974 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |