New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 270860 | NA (NA) | 76 (0.770) | 67/496 | 0.9 | 80.8% | intergenic (‑68/‑176) | BW25113_RS01325/mmuP | IS5‑like element IS5 family transposase/S‑methylmethionine permease |
? | NZ_CP009273 | 651861 = | 18 (0.180) | intergenic (‑437/‑152) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuC/lipid IV(A) palmitoyltransferase PagP |
GGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/270616‑270860 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGG > NZ_CP009273/651861‑652102 GGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAT > 1:89517/1‑250 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AAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAA > 1:236845/1‑249 AAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAA > 2:476475/1‑249 GGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCTGAAATAT < 1:747262/250‑1 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TGCGGGACAAGAAAATCCCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGTAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAGATAAATAGAACAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTTGGTCTATTAAGGTTATGTTACTT > 2:683271/1‑250 GCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTG > 2:754890/1‑250 GGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAG < 2:140684/250‑1 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TCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTAT > 1:316678/1‑250 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCT > 2:333775/1‑250 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTT < 2:420706/250‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTT > 2:494762/1‑250 ATGAAACCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTT < 2:923189/250‑1 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCC > 1:48652/1‑250 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCT < 1:753232/250‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAATTATGTCGCTATCTTTTCCTTTG > 2:152932/1‑250 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAG < 1:151209/250‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCA < 1:438216/249‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAAT < 1:227813/250‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATC < 2:458401/250‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAAT > 1:337370/1‑249 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGT < 1:321440/250‑1 CATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTT > 1:303344/1‑250 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCCCAAATGAACGTGAGTAACTATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTT > 2:639521/1‑250 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTT < 2:222460/250‑1 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGT < 2:737643/246‑1 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTA < 2:781147/249‑1 GACTTGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACG > 1:599751/1‑249 TGTTCGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGAT > 1:521941/1‑250 CGCACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAG < 1:527894/249‑1 CACCTTCCTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGG < 2:727091/250‑1 GGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/270616‑270860 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGG > NZ_CP009273/651861‑652102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |