| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,089,571 | 0 | A | G | 34.2% | 143.0 / 12.7 | 73 | I83V (ATT→GTT) | hisF | imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/42); new base G (25/0); total (31/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATGCTGGCAAAACGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGACTGGGTACAGGAA > NZ_CP009273/2089324‑2089819 | cATGCTGGCAAAACGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGGtt > 1:173409/1‑250 (MQ=255)cATGCTGGCAAAACGCATAATCCCATGGCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGAtt < 1:408716/250‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAAAACGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGtt > 1:427633/1‑249 (MQ=255) tGGCAAAACGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAgac > 1:858984/1‑248 (MQ=255) aaaCGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTgg < 2:471030/250‑1 (MQ=255) aCGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGaa < 1:607733/250‑1 (MQ=255) tGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑Gaaaa < 1:249287/250‑1 (MQ=255) ctcGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAGTCT‑TTGGGAGA‑TGCCGC‑GAAAAATc > 1:393501/1‑250 (MQ=255) cGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGGTGAGTGT‑CTGGGAGA‑AGCCGCGGAAAAtttt > 2:720269/1‑248 (MQ=255) gTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGCGGGGG‑GGGGTGAAGT‑T‑CTGGAAGA‑GGGCGC‑GGGAATTCTTTctt > 2:755289/1‑248 (MQ=255) gTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGCTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCt < 2:476334/250‑1 (MQ=255) gTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGTTGGGGGTTAAG‑CT‑CCGGAAGA‑GGCCGCGGAAAATTTTTTCTTTTg > 1:505337/1‑250 (MQ=255) tCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTTAGTCT‑CTTGGAGA‑TGACCC‑GACAATTCTTTTCTTTTGCGCGGa > 1:656429/1‑249 (MQ=255) tgAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTTCTTTTGCGCGGATAAAAtttt > 1:365743/1‑249 (MQ=255) aGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGGTTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAAATTCCAt > 1:256241/1‑249 (MQ=255) ggCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCa < 1:332559/250‑1 (MQ=255) 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aTGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGa < 1:579519/250‑1 (MQ=255) aTGAAATCATTGGCGATATCATGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTTGCGCGGGTAAAATTTTCCTCAAATCTCCCTCGCTGGCCGa > 1:912732/1‑250 (MQ=255) aaaTCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAGTTTCCTGGAA‑A‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCTTTTTGCGCGGCTAAAAATTTCCTCAACTCTCCTGCTCTGGCAGaac > 1:962612/1‑247 (MQ=255) tCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCTGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAAc < 1:265904/250‑1 (MQ=255) tCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGTTAAGACT‑CTGGGAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTTCTTTTGCGCGGATAAAATTTTCATCAACTCTCCTTCGCTGGCAGACCCaa > 1:377952/1‑249 (MQ=255) aTTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGG‑GGGGGTTAGGTT‑CTGGAAGA‑TGACGC‑GAAAATTCTTTCCTTTTGCGCGGGTAAAATTTTCCTCAAATCTCCCTCGCCGGCAGGCCCAAAat > 2:861501/1‑250 (MQ=255) 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acgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTTAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTTGCGCGGATAAAATTTTCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCCAAATTAATTACTATCCTGGCCGCTCGCTTTGGCGt > 1:638421/1‑250 (MQ=255) cgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCg < 1:671170/248‑1 (MQ=255) aagGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTAt < 1:375942/250‑1 (MQ=255) 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tgtgtgGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCTTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAACATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTc < 1:584087/249‑1 (MQ=255) tgtgtgGC‑GGGG‑GGGATTAAGTCT‑CTGGGAGA‑AGCCGC‑GGAAATTTTTTTCTTTTGCGCGGGTAAAATTTTCATCAACTCTCCCGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTAATCGCCTGGCCGATCGCCTTTGCGTGGAGTGTATTGTGGTCGGGATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATAATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAACCGCACCCGCGTCACACAATGGGAAACGCCCg > 2:580464/1‑250 (MQ=255) tgtgGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGAc < 2:824805/250‑1 (MQ=255) c‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAACGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGACTggg > 2:142257/1‑249 (MQ=255) gggT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGACTGGGTa > 1:48823/1‑250 (MQ=255) gATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGACTGGGTACAGGaa < 1:755289/250‑1 (MQ=255) | CATGCTGGCAAAACGCATAATCCCATGTCTCGACGTTCGTGATGGTCAGGTGGTGAAAGGCGTACAGTTTCGCAACCATGAAATCATTGGCGATATCGTGCCGCTGGCAAAACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC‑GGGT‑GGGATTAAGTCT‑CTGGAAGA‑TGCCGC‑GAAAATTCTTTCCTTTGGCGCGGATAAAATTTCCATCAACTCTCCTGCGCTGGCAGACCCAACATTAATTACTCGCCTGGCCGATCGCTTTGGCGTGCAGTGTATTGTGGTCGGTATTGATACCTGGTACGACGCCGAAACCGGTAAATATCATGTGAATCAATATACCGGCGATGAAAGCCGCACCCGCGTCACTCAATGGGAAACGCTCGACTGGGTACAGGAA > NZ_CP009273/2089324‑2089819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |