Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,221,718 | 0 | G | C | 32.7% | 77.5 / 13.4 | 53 | pseudogene (520/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/22); new base C (12/5); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAG > NZ_CP009273/2221469‑2221967 | ataatTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTccg‑ccg < 2:470313/250‑1 (MQ=255) ataatTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCT‑CGCGTTccg‑ccg > 1:506217/1‑250 (MQ=255) cattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑c < 2:151282/249‑1 (MQ=255) attttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTGC‑‑CGCGCTGCG‑CCA‑CCCCTG‑cct > 1:623048/1‑248 (MQ=255) ttttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑ttt < 2:215069/250‑1 (MQ=255) ccGCGACATCGTTGAGCTTCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGt < 2:147134/250‑1 (MQ=255) gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTAccc < 2:345382/250‑1 (MQ=255) 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ataGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCT‑CGCGTTCCC‑CCC‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCC‑GGCGGG‑GAG‑GAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑TCCCCG‑ATATCGA‑G‑AT‑GGCA‑ACCCGCCCGTTAGC‑CCAAAATACCCCTTGTGTa > 1:564141/1‑250 (MQ=255) ctcgcgagcgcgcgcgATTATGGTTTTCTGCTTTTTTTCGTTTTGCGGAAAGA‑CCGTTTTTAGCGCCGCCTGGTTTTGCCCCTCCCAGTACAGGGGGCCTCCGCTGCCAGCCAGCATTGGGG‑GGGTTTGCT‑CGCGTCCCG‑CCG‑CCCGTT‑T‑TTTACCCGTCCCCG‑GGGGGG‑CAG‑TAC‑CCCCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑CCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCAc < 2:201148/238‑1 (MQ=255) cGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCGGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCT‑CGCGTTCCC‑CCC‑CCCCCG‑CTTTTAACCTAACCCA‑‑GCGGG‑GGG‑TAA‑CCTCCCCCCCGTTCTTT‑TCCCCG‑ATTTTGC‑G‑ATGGCCA‑CCCCCCGCTTCACC‑AAAAAGACCCGTGGGGGTACCCCggccggg > 2:758700/1‑245 (MQ=255) 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tACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGGAAAGTCGATc > 1:363499/1‑250 (MQ=255) cagccagcAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGAAC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCCCCATATCCGCCGAAAAGACGATCCGCGGAc > 1:996546/1‑249 (MQ=255) ggcagcAAGTGGGGGGGTTGGCC‑CGCGTCCCC‑CCC‑CCCGTC‑C‑TTTAACCGTCCCCG‑GGCGGG‑CAG‑TAC‑CCCCCGCCCGTTTCTTC‑CCCAAG‑ATACCGG‑G‑AT‑CCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCa < 2:442055/248‑1 (MQ=255) ggC‑GTGTTTGCT‑CCCGTCCCG‑CCG‑CCCGTG‑T‑TTTAACCGTCCCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCTGATTCTTC‑CCACAG‑ATATCGA‑G‑GT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTgg < 1:689203/249‑1 (MQ=255) gCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCtt > 1:930531/1‑250 (MQ=255) cgcgTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGc > 1:352229/1‑250 (MQ=255) gcgTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTACCCGTCCCGG‑GGCGGG‑GAG‑TAC‑CCCCCGCCCGTTTC‑TT‑CCCCAGAAGAAGGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGcc < 1:403467/250‑1 (MQ=255) gcgTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGcc > 1:72017/1‑250 (MQ=255) ttCCG‑CGG‑CCGGTG‑C‑TTTAACCGTCCCCA‑GGGGGG‑AAG‑TAC‑CCCCCGCCCGTTTCTTT‑CCCCAG‑ATTTCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTgg < 1:587618/250‑1 (MQ=255) ccg‑ccCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 1:953809/1‑249 (MQ=255) g‑ccCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCag > 1:440867/1‑250 (MQ=255) | ATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGA‑CCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCG‑CCG‑CCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCA‑GGCGGG‑CAG‑TAA‑CCTCCGCCCGATTCTTT‑CCCCAG‑ATATCGA‑G‑AT‑GCCA‑GCCCGCCGTTAAGC‑CAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATC‑GTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAG > NZ_CP009273/2221469‑2221967 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |