| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,392 | 0 | G | A | 36.1% | 131.9 / 32.8 | 83 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/4); new base A (0/30); total (49/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTCAAGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGG > NZ_CP009273/1995145‑1995630 | gTCAAGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGaa < 2:691833/250‑1 (MQ=255) aaGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGaaaa > 2:93840/1‑249 (MQ=255) gTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGCACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGCGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGCATAGAGCGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGTCGCTTCGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGGTACAGGTAAATTCC‑AGGAAGaaaaaa‑a > 2:822452/1‑250 (MQ=255) gCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCccgcc > 1:638499/1‑250 (MQ=255) cTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCccgccg > 1:606604/1‑250 (MQ=255) gAACCTGGAGGCGCAGTGCTCCGGGACGCACGAGCGGGACATACCGCGGCCACAGGGGGTGTTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGATTTATCGGCTTAATTATCCGTTTCTGGGGGGTTTTTAATCGGAGGATTGGGGGGTGAAATGGGGGGTTTTTTGGGGTTTAGGGGTAAATTCC‑AGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc < 2:456441/250‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt > 1:369755/1‑250 (MQ=255) 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tCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:910039/1‑249 (MQ=255) ccATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaa > 2:590056/1‑249 (MQ=255) aTTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 1:505256/1‑250 (MQ=255) 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tataCAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaaa > 2:598095/1‑250 (MQ=255) taGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt > 1:598130/1‑250 (MQ=255) agagGGAATATCAGGAAAACCAGCCGTGTGTTATATTGTTTATCGGTATGTTTTCCTTTTTTTGCAGGGTTTTTAATCGAACAATTGGGGGGGAAAATGGGGGGTTATTTGGGGGTTAAAGGAAAATCCC‑AGGAAAAAAAAC‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt < 2:782329/249‑1 (MQ=25) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |